| 鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析 |
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| 引用本文： | 张晓峰,孙效文.鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析[J].水产学杂志,2010,23(4). |
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| 作者姓名： | 张晓峰 孙效文 |
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| 基金项目： | 国家公益性行业(农业)科研专项项目，黑龙江水产研究所基本科研业务费专项项目 |
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| 摘 要： | 本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析.结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子.伺时还指出,最优密码子的使用频率(Fop)与基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.2832和-0.2390).表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强.
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| 关 键 词： | 鲤鱼 斑马鱼 同义密码子使用偏性 最优密码子 GC含量 |
Sysnonymous Codon Bias of Carp(Cyprinus carpio L.)and Zebrafish(Danio rerio L.) |
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| ZHANG Xiao-feng,SUN Xiao-wen.Sysnonymous Codon Bias of Carp(Cyprinus carpio L.)and Zebrafish(Danio rerio L.)[J].Chinese Journal of Fisheries,2010,23(4). |
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| Authors: | ZHANG Xiao-feng SUN Xiao-wen |
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