| 玉米全基因组批量化SSR多态性标记开发及PCR扩增验证 |
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| 引用本文： | 史典义,邓佳,孙明伟,文轩涛,汪洋.玉米全基因组批量化SSR多态性标记开发及PCR扩增验证[J].玉米科学,2023,31(2):39-47. |
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| 作者姓名： | 史典义 邓佳 孙明伟 文轩涛 汪洋 |
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| 作者单位： | 内江师范学院生命科学学院, 四川 内江 641100;沱江流域特色农业资源四川省科技资源共享服务平台, 四川 内江 641100 |
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| 基金项目： | 内江师范学院2020年大学生创新创业训练项目“全基因组fasta序列批量化SSR引物设计流程开发”(X2020047)、内江师范学院线上线下混合式一流课程建设专项“生物信息学”(JK202021) |
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| 摘 要： | 简单序列重复在真核生物的基因组中含量非常丰富，且常常随机、均匀分布于整个基因组中。SSR标记广泛应用于动、植物基因定位、群体遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、指纹图谱构建、种质鉴定、分子标记辅助选择等方向。随着大量全基因组序列的公布，NCBI等数据库中可利用的序列信息量激增。但在常规分子生物学研究中，仍然延续传统的小规模SSR标记开发模式，开发标记数量非常有限、效率较低。结合MISA脚本指令、Primer3引物设计软件、e-PCR特异性扩增分析软件，对玉米全基因组水平SSR位点进行搜索、引物设计、特异性扩增分析以及扩增长度差异分析，开发高密度的SSR标记。通过引物合成、PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳，从常规分子生物学水平验证所开发标记的可靠性。
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| 关 键 词： | 玉米 基因组 批量化 SSR 多态性 分子标记 |
| 收稿时间： | 2022/4/29 0:00:00 |
Development of SSR Polymorphic Markers at Genome-wide Level in Maize and Validation by PCR Amplification |
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| SHI Dian-yi,DENG Ji,SUN Ming-wei,WEN Xuan-tao,WANG Yang.Development of SSR Polymorphic Markers at Genome-wide Level in Maize and Validation by PCR Amplification[J].Journal of Maize Sciences,2023,31(2):39-47. |
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| Authors: | SHI Dian-yi DENG Ji SUN Ming-wei WEN Xuan-tao WANG Yang |
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| Institution: | College of Life Sciences, Neijiang Normal University, Neijiang 641100;Sichuan Science and Technology Resources Sharing Service Platform of Special Agricultural Resources in Tuojiang River Basin, Neijiang 641100, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Maize Genome Batch SSR Polymorphism Molecular marker |
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