| 基于高通量测序的野生毛葡萄转录组数据分析 |
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| 引用本文： | 方辉,蒋胜理,曲俊杰,周思泓,潘凤英.基于高通量测序的野生毛葡萄转录组数据分析[J].湖北农业科学,2016(18):4827-4831. |
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| 作者姓名： | 方辉 蒋胜理 曲俊杰 周思泓 潘凤英 |
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| 作者单位： | 1. 广西壮族自治区作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁,530007;2. 广西壮族自治区作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁530007;广西壮族自治区农业科学院,南宁530007 |
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| 基金项目： | 国家博士后基金项目(2014M562497XB)，广西壮族自治区八桂学者专项资金项目([2013]3号)，广西壮族自治区农科院科技基金项目(2015JM28) |
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| 摘 要： | 利用RNA-seq技术对所构建的野生毛葡萄(Vitis quinquangularis Rehd)叶片的转录组进行测定,对原始reads进行过滤和组装,得到了35 238条质量较高的unigene,平均长度为1 081 nt,N50为1 735 nt。基于NCBI蛋白质数据库(Nr)、蛋白质序列数据库(Swiss-Prot)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库和直系同源基因簇(COG)进行相似性比对,共注释了26 751条unigene,另有8 487条unigene未被注释。物种同源性显示与葡萄的同源性最高为74.48%。利用COG数据库将unigene分成25类,通过GO分类和KEGG富集性分析,将unigene分别归类于44个GO类别和122个代谢途径。此外,在35 238条unigene中共搜索到4 428个SSR位点,二核苷酸的SSR数目最多(1 906条),其次为三核苷酸(1 762条)。这些信息为毛葡萄功能基因、相关候选基因的发掘以及分子标记辅助育种提供了重要依据。
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| 关 键 词： | 毛葡萄(Vitis quinquangularis Rehd) 转录组 高通量测序 |
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