| 苜蓿miR156及其靶基因生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 刘宝宝,孟桂智,刘祖江,贾晶莹,段红娟,马云,蔡小艳.苜蓿miR156及其靶基因生物信息学分析[J].西南农业学报,2023(7):1385-1392. |
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| 作者姓名： | 刘宝宝 孟桂智 刘祖江 贾晶莹 段红娟 马云 蔡小艳 |
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| 作者单位： | 宁夏大学农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31960680)；;宁夏自然科学基金优秀青年项目(2022AAC05012)； |
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| 摘 要： | 【目的】分析苜蓿miR156(mtr-miR156)基因家族的序列组成及基因表达功能，为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础。【方法】应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息，weblogo在线网站对mtr-miR156家族成熟序列、茎环序列进行保守性分析，DNAMAN软件分析茎环序列同源性，同时利用联川生物云平台和TargentScan在线网站预测并下载获得mtr-miR156a的靶基因、靶基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，通过RNAhybrid在线网站比对预测到的所有靶基因与mtr-miR156a的结合位点和结合自由能值，选择符合自由能值的靶基因进行靶基因功能分析。【结果】PmiREN数据库共检索到10个mtr-miR156家族成员；10个成员成熟序列共定位在3条染色体上；10个成员中有8个成员成熟序列完全一致，其余2个成员成熟序列高度保守；10个成员茎环序列中位于成熟序列位置的碱基与成熟序列完全一致；茎环序列同源树分析结果显示10个成员共分为3个分支，mtr-miR156g与其他成员的亲缘关系最远；...
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| 关 键 词： | 苜蓿 miR156 生物信息学 奶牛 跨界调控 |
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