| 基于转录组的苋菜LBD基因家族鉴定及蓝光下的表达分析 |
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| 引用本文： | 王乐,陈何,肖昉,郑友峰,黄瑞丹,刘生财.基于转录组的苋菜LBD基因家族鉴定及蓝光下的表达分析[J].中国农业大学学报,2021,26(10):66-80. |
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| 作者姓名： | 王乐 陈何 肖昉 郑友峰 黄瑞丹 刘生财 |
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| 作者单位： | 福建农林大学 园艺植物生物工程研究所, 福州 350002 |
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| 基金项目： | 福建省自然科学基金项目(2018J01700)；福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2017174, CXZX2016118, CXZX2017189)；福建省高原学科建设经费(102/71201801101) |
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| 摘 要： | 为了解苋菜LBD基因家族,本研究利用转录组数据筛选和鉴定苋菜LBD基因家族成员,并命名为AtrLBD。结果表明:1)从‘全红’苋菜转录组中共鉴定得到16个AtrLBD基因,均为不稳定蛋白,氨基酸长度在91～351aa,相对分子质量为9.396～38.250ku;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主;亚细胞定位预测,AtrLBD定位在细胞核、叶绿体和线粒体;MEME分析结果表明,16个AtrLBD共有10个保守氨基酸序列;2)系统进化树显示,16个AtrLBD与拟南芥LBD蛋白分为第一类(ClassⅠ)和第二类(ClassⅡ)2大类,细分为Class Ia、Ib、Ic、Id、Ie和Class IIa、IIb等7个亚类;miRNA预测结果显示,有4个AtrLBD是miRNA靶基因;3)qRT-PCR结果显示,除AtrLBD4、AtrLBD5、AtrLBD10和AtrLBD16以外,AtrLBD均受到蓝光的诱导表达。上述结果为深入研究苋菜LBD基因家族的功能及进化分析奠定了基础。
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| 关 键 词： | 苋菜 LBD 表达分析 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2020/12/8 0:00:00 |
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