| 静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析 |
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| 引用本文： | 王卫振,邓占钊,辛国省,虎红红,禹宝军,蔡正云,顾亚玲,张娟.静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析[J].中国农业大学学报,2021,26(4):79-92. |
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| 作者姓名： | 王卫振 邓占钊 辛国省 虎红红 禹宝军 蔡正云 顾亚玲 张娟 |
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| 作者单位： | 宁夏大学 农学院, 银川 750021;彭阳县畜牧技术推广服务中心, 宁夏 固原 756599;宁夏大学 生命科学学院/宁夏饲料工程技术研究中心, 银川 750021 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31860621) |
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| 摘 要： | 旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3 283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1 100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novel＿circ＿0013580、novel＿circ＿0012931、novel＿circ＿0011886、novel＿circ＿0013588、novel＿circ＿0007737和novel＿circ＿0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novel＿circ＿0013580和novel＿circ＿0013588,两者能够同时结合novel＿409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。
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| 关 键 词： | 静原鸡 肌苷酸 全转录组 环状RNA 调控网络 |
| 收稿时间： | 2020/9/12 0:00:00 |
Combined analysis of circRNA related to inosine monphosphate deposition in thoracic and leg muscle of Jingyuan chicken |
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| WANG Weizhen,DENG Zhanzhao,Xin Guosheng,HU Honghong,YU Baojun,CAI Zhengyun,GU Yaling,ZHANG Juan.Combined analysis of circRNA related to inosine monphosphate deposition in thoracic and leg muscle of Jingyuan chicken[J].Journal of China Agricultural University,2021,26(4):79-92. |
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| Authors: | WANG Weizhen DENG Zhanzhao Xin Guosheng HU Honghong YU Baojun CAI Zhengyun GU Yaling ZHANG Juan |
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| Institution: | School of Agriculture, Ningxia University, Yinchuan 750021, China;Pengyang County Animal Husbandry Technology Popularization Service Center, Guyuan 756599, China;School of Life Sciences/Ningxia Feed Engineering Technology Research Center, Ningxia University, Yinchuan 750021, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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