| 基于苦瓜转录组序列的SSR分子标记开发 |
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| 引用本文： | 周银慧,洪宇,曹毅,程蛟文,胡开林,崔竣杰.基于苦瓜转录组序列的SSR分子标记开发[J].分子植物育种,2021,19(6):1933-1939. |
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| 作者姓名： | 周银慧 洪宇 曹毅 程蛟文 胡开林 崔竣杰 |
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| 作者单位： | 佛山科学技术学院食品科学与工程学院,佛山,528000;华南农业大学园艺学院,广州,510642 |
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| 基金项目： | 广东省自然科学基金面上项目(2019A1515011939);广东省普通高校省级重点科研项目(2018KZDXM016);广东省科技计划项目(2018B020202007);佛山科学技术学院高层次人才科研启动资助项目(CGG07127);佛山科学技术学院研究生自由探索基金项目共同资助。 |
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| 摘 要： | 为了全面了解苦瓜转录组SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求,利用MISA软件对来自苦瓜材料‘大沥-11’6个组织的59740条转录组Unigene序列进行SSR位点搜索,共检测出31066个SSR位点,出现频率(发现的SSR个数与总Unigene数之比)为52.00%,平均每2.62 kb出现1个SSR位点。在苦瓜转录组SSR位点中,基元类型主要为三核苷酸,占总SSR位点的42.17%;其次是二核苷酸,占总SSR位点的31.66%。利用Primer 3软件对搜索到的苦瓜转录组SSR位点进行引物设计,然后把获得的引物序列比对回苦瓜的参考基因组,选择上下游引物序列都是唯一比对的序列并去除重复后共获得9135对特异SSR引物。选择MC00上的232对特异SSR引物对‘谭边大顶’和‘华艺320’两个苦瓜品种基因组DNA进行PCR扩增,其中有219对特异引物可扩增出清晰的条带,有效扩增率为94.40%;有31对特异引物扩增产物表现出多态性,多态率为13.36%。本研究开发的苦瓜转录组特异SSR引物为苦瓜的种质资源分析、基因定位、分子标记辅助选择等理论与应用研究提供了引物数据参考。
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| 关 键 词： | 苦瓜(Momordica charantia) 转录组 SSR |
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