| 鹰嘴豆miR164基因家族的生物信息学分析及靶基因预测 |
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| 引用本文： | 于月华,冯紫平,郑崇珂,倪志勇,邱红伟,赵勇.鹰嘴豆miR164基因家族的生物信息学分析及靶基因预测[J].分子植物育种,2021,19(5):1409-1414. |
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| 作者姓名： | 于月华 冯紫平 郑崇珂 倪志勇 邱红伟 赵勇 |
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| 作者单位： | 新疆农业大学农学院,乌鲁木齐,830052;山东省农业科学院山东省水稻研究所,济南,250100;石家庄市农林科学研究院,石家庄,050041 |
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| 基金项目： | 新疆维吾尔自治区自然科学基金面上项目(2016D01A043);自治区天山青年计划(2018Q018;2018Q002);中国博士后科学基金资助项目(43XB3825XB)共同资助。 |
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| 摘 要： | miR164是植物特有的一类miRNA,参与调控植物的生长发育和对逆境胁迫的响应。为深入理解Car-miR164的功能和调控机制,本研究通过全基因组手段鉴定鹰嘴豆Car-miR164家族成员并预测靶基因功能,在PmiREN中获得Car-miR164家族5个成员的序列,通过染色体定位技术表明其位于鹰嘴豆Ca3、Ca4和Ca7三条染色体上。通过多序列比对发现Car-miR164家族5个成员的21 bp成熟序列的一致性很高,仅在5'端第13、17和21个核苷酸处存在差异。二级结构分析表明Car-miR164家族5个成员的前体序列都能形成稳定的茎环结构,成熟的miRNA序列均位于5'端。进化树分析表明水稻、拟南芥、苜蓿、大豆和鹰嘴豆中miR164家族成员主要聚为3个分支,Car-MIR164a与Mtr-MIR164j聚在一个分支,其他4个Car-MIR164聚在另外一个分支。靶基因预测表明Car-miR164家族5个成员的靶基因为鹰嘴豆NAC转录因子家族成员NAC09、NAC11和NAC57。转录组数据分析表明在鹰嘴豆8个不同组织中Car-miR164b/c/e的表达量比Car-miR164a/d高。本实验为进一步研究鹰嘴豆Car-miR164家族成员及其靶基因提供理论依据。
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| 关 键 词： | 鹰嘴豆 miR164 靶基因 |
Bioinformatics Analysis of Chickpea miR164 Gene Family and Prediction of Their Target Genes |
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| Yu Yuehua,Feng Ziping,Zheng Chongke,Ni Zhiyong,Qiu Hongwei,Zhao Yong.Bioinformatics Analysis of Chickpea miR164 Gene Family and Prediction of Their Target Genes[J].Molecular Plant Breeding,2021,19(5):1409-1414. |
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| Authors: | Yu Yuehua Feng Ziping Zheng Chongke Ni Zhiyong Qiu Hongwei Zhao Yong |
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| Institution: | (College of Agronomy,Xinjiang Agricultural University,Urumqi,830052;Shandong Rice Research Institute,Shandong Academy of Agricultural Sciences,Jinan,250100;Shijiazhuang Academy of Agricultural and Forestry Sciences,Shijiazhuang,050041) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Chickpea miR164 Target gene |
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