| 大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 |
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| 引用本文： | 刘新雨,田洁.大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发[J].浙江农业学报,2020,32(9):1615. |
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| 作者姓名： | 刘新雨 田洁 |
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| 作者单位： | 1.青海大学 农林科学院/青海省蔬菜遗传与生理重点实验室,青海 西宁 810016;2.青海大学 省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室,青海 西宁 810016 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31760568,31960590);青海省科技厅重点实验室项目(2020-ZJ-Y02);2019年度中国科学院“西部之光”人才培养计划;青海大学农科拔尖创新人才科研训练项目(NKX201805) |
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| 摘 要： | 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。
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| 关 键 词： | 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性 |
| 收稿时间： | 2020-04-09 |
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