| 金针菇种质资源5个农艺性状与SSR标记的关联分析 |
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| 引用本文： | 陆欢,张丹,章炉军,王瑞娟,尚晓冬,谭琦.金针菇种质资源5个农艺性状与SSR标记的关联分析[J].农业生物技术学报,2015,23(1):96-106. |
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| 作者姓名： | 陆欢 张丹 章炉军 王瑞娟 尚晓冬 谭琦 |
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| 作者单位： | 1. 上海市农业科学院食用菌研究所/国家食用菌工程技术研究中心/农业部应用真菌资源与利用重点开放实验室/上海市农业遗传育种重点实验室,上海201106;上海海洋大学食品学院,上海201306
2. 上海市农业科学院食用菌研究所/国家食用菌工程技术研究中心/农业部应用真菌资源与利用重点开放实验室/上海市农业遗传育种重点实验室,上海,201106 |
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| 基金项目： | 国家科技支撑项目，上海市种业项目(沪农科种字 |
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| 摘 要： | 金针菇(Flammulina velutipes)是一种重要的商业化栽培食用菌,为挖掘控制金针菇重要农艺性状的基因组区段,本研究以90份金针菇种质资源为实验材料,测定其原基期、菌柄直径、菌柄长度、菌盖直径和单瓶产量5个农艺性状,利用全基因组序列开发的95份多态简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记对供试材料进行基因组扫描,在分析实验材料的群体结构和连锁不平衡基础上,采用一般线性模型方法对5个农艺性状进行关联分析。结果表明,各供试材料的5个农艺性状均有极显著差异。95份多态SSR标记共检测到582个等位变异,平均每个位点的等位变异数为6.13个。标记多态信息含量(polymorphism information content,PIC)变化范围为0.204~0.818,平均为0.542。群体遗传结构分析将供试材料分为8个亚群体,群体内SSR位点间存在较高的连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD),不平衡程度D’值大于0.5的组合数占总组合数的33.01%。关联分析检测出28个标记与5个性状显著相关,其中原基期的关联标记有2个,菌柄直径的关联标记有12个,菌柄长度的关联标记有3个,菌盖直径的关联标记有9个,单瓶产量的关联标记有5个。关联SSR标记对表型变异解释率的变幅为5.11%~23.55%。研究表明,所选金针菇种质资源群体的遗传多样性以及连锁不平衡程度较高,适用于关联分析研究。本研究结果对金针菇核心种质资源库构建以及分子标记辅助育种具有参考价值。
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| 关 键 词： | 金针菇 简单重复序列(SSR) 群体结构 连锁不平衡(LD) 关联分析 |
Association Analysis of Five Agronomic Traits with SSR Markers in Flammulina velutipes Germplasm |
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| LU Huan,ZHANG Dan,ZHANG Lu-Jun,WANG Rui-Juan,SHANG Xiao-Dong,TAN Qi.Association Analysis of Five Agronomic Traits with SSR Markers in Flammulina velutipes Germplasm[J].Journal of Agricultural Biotechnology,2015,23(1):96-106. |
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| Authors: | LU Huan ZHANG Dan ZHANG Lu-Jun WANG Rui-Juan SHANG Xiao-Dong TAN Qi |
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| Institution: | LU Huan;ZHANG Dan;ZHANG Lu-Jun;WANG Rui-Juan;SHANG Xiao-Dong;TAN Qi;National Research Center for Edible Fungi Biotechnology and Engineering/Key Laboratory of Applied Mycological Resources and Utilization,Ministry of Agriculture/Shanghai Key Laboratory of Agricultural Genetics and Breeding; Institute of Edible Fungi, Shanghai Academy of Agricultural Sciences;College of Food Science and Technology, Shanghai Ocean University; |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Flammulina velutipes Simple sequence repeat (SSR) Population structure Linkage disequilibrium (LD) Association analysis |
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