| 基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析 |
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| 引用本文： | 徐志豪,周思思,詹儒林,姚全胜,柳凤.基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析[J].分子植物育种,2024(9):2952-2958. |
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| 作者姓名： | 徐志豪 周思思 詹儒林 姚全胜 柳凤 |
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| 作者单位： | 1. 海南大学园艺学院;2. 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所海南省热带园艺产品采后生理与保鲜重点实验室农业部热带果树生物学重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(No.2019YFD1001103)；;海南省自然科学基金项目(No.320QN319)；;攀枝花市市级科技计划项目(2021CY-N-7)共同资助； |
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| 摘 要： | 芒果细菌性角斑病是芒果生产上的重要细菌病害之一，为揭示芒果品种对细菌性角斑病的抗性差异，本研究通过全基因组重测序技术对高抗细菌性角斑病品种‘热农1号’和高感细菌性角斑病品种‘凯特’进行测序，通过与参考基因组‘红象牙’进行比对，进行数据统计与质量检测、序列比对及多态性SNP位点分析。结果表明，在测序深度10X下，‘凯特’和‘热农1号’分别获得5.93 Gb和4.55 Gb的数据量，过滤后的Q30达到92.4%和92.3%。将获得的原始数据与参考基因组对比，‘凯特’和‘热农1号’比对上的reads数目分别是31 108 817和30 217 182。‘凯特’和‘热农1号’分别检测到3 530 706和3 325 884个SNP位点，产生非同义突变的SNP位点数分别为133 283和127 148个，杂合度为0.43%和0.36%，转换和颠换的比值为2.24和2.25。基于抗病品种‘热农1号’和感病品种‘凯特’全基因组重测序数据比较的结果，获得到了3 258 857个差异SNP位点和33 161条基因信息，其中有937个基因参与抗病蛋白的调控。本研究结果可以在一定程度上反映抗感细菌性角斑病的...
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| 关 键 词： | 全基因组重测序 芒果 细菌性角斑病 单核苷酸多态性 |
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