| 1株鸭疫里默氏杆菌的全基因组测序及耐药性与遗传进化分析 |
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| 引用本文： | 祝希辉,李艳兰,王志伟,庞喆羽,李玉保,刘成,司振书,路建彪,曹胜亮,薛希娟.1株鸭疫里默氏杆菌的全基因组测序及耐药性与遗传进化分析[J].中国畜牧兽医,2023(3):1140-1149. |
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| 作者姓名： | 祝希辉 李艳兰 王志伟 庞喆羽 李玉保 刘成 司振书 路建彪 曹胜亮 薛希娟 |
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| 作者单位： | 1. 聊城大学农学与农业工程学院;2. 山东信得科技股份有限公司 |
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| 基金项目： | 山东省重点研发计划项目(2022CXGC010606、2019QYTPY011)；;山东省自然科学基金(ZR2020MC175、ZR202112010377)； |
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| 摘 要： | 【目的】了解鸭疫里默氏杆菌的耐药性、基因组结构与遗传变异程度，为鸭疫里默氏杆菌耐药性与基因组研究提供参考。【方法】本研究对1株从病死鸭脑组织分离的鸭疫里默氏杆菌疑似菌株进行了PCR鉴定、耐药性检测及全基因组框架图测序，并基于16S rDNA与管家基因对其进行了遗传进化分析。【结果】测序数据经过质控与过滤后成功组装为1个包含38个contigs的基因组框架，使用Abricate软件、CARD在线数据库共检测出6种不同的耐药基因，其中4种与耐药表型符合；将基因序列提交至MLST数据库，发现了一种新ST型，定为ST93。构建的16S rDNA和管家基因进化树结果表明，分离菌株与2株鸭疫里默氏杆菌具有较近的亲缘关系。【结论】分离鉴定得到1株鸭疫里默氏杆菌，该菌株为多药耐药菌株，其基因组中携带多个耐药基因；鸭疫里默氏杆菌的基因变异程度较大，且存在跨区域流行传播风险。在临床用药时应注意合理用药，及时监控抗性基因的水平转移，防止鸭疫里默氏杆菌跨区域流行。
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| 关 键 词： | 鸭疫里默氏杆菌 耐药性 耐药基因 基因组 生物信息学 |
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