| 甜高粱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 洪森荣,林顺来,李盈萍,李芸芸,李和月,张庆宝.甜高粱叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析[J].草地学报,2023(12):3636-3650. |
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| 作者姓名： | 洪森荣 林顺来 李盈萍 李芸芸 李和月 张庆宝 |
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| 作者单位： | 1. 上饶师范学院生命科学学院;2. 上饶农业技术创新研究院 |
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| 摘 要： | 本研究采用高通量测序技术对甜高粱叶绿体基因组进行测序，对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。结果表明，甜高粱(Sorghum bicolor)叶绿体基因组长度为140 644 bp,编码86个CDS基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因，检测到31个SSR位点和42个Long repeat序列。甜高粱及其14个近缘种的叶绿体基因组变化不大，IR区边界未发生明显的收缩与扩张。甜高粱叶绿体基因组密码子偏好以A,U结尾，其密码子使用偏性很大程度上受自然选择的影响，而受突变压力的影响小。甜高粱叶绿体基因组的最优密码子14个(ACU,UAG,CCU,CUA,GCU,AGU,GAU,UUA,CGU,GAA,GUU,UCA,CAU,UGU)。甜高粱与高粱Sorghum bicolor MT333845(产地：韩国，栽培种Donganme)、MT333848(产地：韩国，栽培种Sodam Chal)、MT459453(产地：韩国，栽培种ATx623)亲缘关系较近。研究结果将为完善高粱属植物分子育种技术和探究高粱属植物系统发育提供参考。
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| 关 键 词： | 甜高粱 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析 |
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