| ‘鲁丽’ב红1#’苹果杂交群体全基因组KASP标记开发及验证 |
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| 引用本文： | 郑文燕,常源升,何平,何晓文,王森,高文胜,李林光,王海波.‘鲁丽’ב红1#’苹果杂交群体全基因组KASP标记开发及验证[J].中国农业科学,2023,56(5):935-950. |
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| 作者姓名： | 郑文燕 常源升 何平 何晓文 王森 高文胜 李林光 王海波 |
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| 作者单位： | 1. 山东省果树研究所;2. 山东省农业技术推广中心 |
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| 基金项目： | 山东省自然科学基金(ZR2021MC045); 山东省农业良种工程项目(2021LZGC024); 国家自然科学基金(31901976); 泰山产业领军人才工程项目(LJNY202026); 国家现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-27) |
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| 摘 要： | 【目的】利用‘鲁丽’ב红1#’亲本及杂交后代，开发苹果叶片性状竞争性等位基因特异PCR(kompetitive allele-specific PCR,KASP)标记，为苹果光能高效利用育种提供参考。【方法】以‘鲁丽’和I型红肉苹果‘红1#’及其134个杂交后代的幼嫩叶片为材料，调查叶片性状表型（包括叶片长度、宽度、叶绿素含量、花青苷含量、光合参数和叶绿素荧光参数等）数据。采用Illumina HiSeq 2500测序平台进行全基因组重测序，通过短序列比对软件将测序序列（reads）回贴到苹果参考基因组，利用GATK软件工具包检测单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNP）标记。【结果】‘鲁丽’和‘红1#’及其134个杂交后代重测序得到有效reads数分别为164 776 660、149 482 876和3 927 370 200。与苹果参考基因组比对率分别为98.77%、98.89%和97.79%。共检测到6 445 766个SNP。经过滤后获得94 208个特异性强，准确性高的SNP位点。对每个SNP进行KASP引物设计，最终开发了5...
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| 关 键 词： | 苹果 全基因组重测序 叶片性状 KASP标记 |
| 收稿时间： | 2022-04-26 |
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