| 小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 李亚麒,黄家雄,娄予强,付兴飞,王健敏,李亚男,吕玉兰,李贵平,程金焕.小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].西北林学院学报,2023,38(2):92-99. |
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| 作者姓名： | 李亚麒 黄家雄 娄予强 付兴飞 王健敏 李亚男 吕玉兰 李贵平 程金焕 |
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| 作者单位： | （1.云南省农业科学院 热带亚热带经济作物研究所，云南 保山 678000；2.云南省农村科技服务中心，云南 昆明 650021） |
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| 摘 要： | 为了解铁皮卡叶绿体基因组密码子的使用特征及其成因，以筛选的52条蛋白编码序列为研究对象，利用CodonW和CUSP在线软件对其密码子使用特征进行系统分析。结果表明，基因组各位置的GC含量GC1、GC2、GC3分别为47.47%、39.52%、27.92%，30个高频密码子中，以U结尾占比53.33%，以A结尾占比43.33%，以G结尾占比3.33%，说明铁皮卡叶绿体基因偏好使用NNA 和NNU 型密码子，尤其偏好使用NNU型密码子。有效密码子数（ENC）、密码子适应指数（CAI）、最优密码子频率（Fop）分别为46.85、0.167、0.352，均揭示该基因组的密码子偏性较弱。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot以及对应分析揭示密码子的偏好性受到选择及其他因素共同作用，最终确定了AUU、GUU和UCU等20个最优密码子。表明铁皮卡叶绿体基因组密码子的偏性较弱，偏好AU结尾的密码子。密码子的使用偏好性受到突变及选择等多种作用共同影响。
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| 关 键 词： | 小粒咖啡 铁皮卡 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 |
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