| 斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析 |
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| 引用本文： | 穆春宇,黄正洋,陈阳,孙志明,俞钦明,苏雁辉,富丽,徐琪,赵文明,陈国宏.斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析[J].中国兽医学报,2015(2):257-263. |
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| 作者姓名： | 穆春宇 黄正洋 陈阳 孙志明 俞钦明 苏雁辉 富丽 徐琪 赵文明 陈国宏 |
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| 作者单位： | 扬州大学江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室;江苏省无锡市动物园;江西农业大学动物科技学院 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目(CARS-43-3) |
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| 摘 要： | 根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区。碱基组成T为22.2%,C为32.8%,A为29.2%,G为15.8%,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构。参照棕头鸦(Larus brunnicephalus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环。对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box。并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mt DNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近。
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| 关 键 词： | 线粒体全基因组 斑嘴鸭 系统进化树 |
Complete sequence and gene organization of Anas poecilorhyncha mitochondrial genome |
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| MU Chun-yu;HUANG Zheng-yang;CHEN Yang;SUN Zhi-ming;YU Qin-ming;SU Yan-hui;FU Li;XU Qi;ZHAO Wen-ming;CHEN Guo-hong.Complete sequence and gene organization of Anas poecilorhyncha mitochondrial genome[J].Chinese Journal of Veterinary Science,2015(2):257-263. |
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| Authors: | MU Chun-yu;HUANG Zheng-yang;CHEN Yang;SUN Zhi-ming;YU Qin-ming;SU Yan-hui;FU Li;XU Qi;ZHAO Wen-ming;CHEN Guo-hong |
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| Institution: | MU Chun-yu;HUANG Zheng-yang;CHEN Yang;SUN Zhi-ming;YU Qin-ming;SU Yan-hui;FU Li;XU Qi;ZHAO Wen-ming;CHEN Guo-hong;Jiangsu Key Laboratory of Animal Genetics,Breeding and Molecular Design,Yangzhou University;Wuxi City Zoo;College of Animal Science and Technology,Jiangxi Agricultural University; |
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