| 软腐病菌侵染下菜心叶片的转录组分析 |
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| 引用本文： | 曾小玲,赵瑞丽,钟开勤,朱朝辉,谢鑫鑫,温庆放.软腐病菌侵染下菜心叶片的转录组分析[J].热带作物学报,2021,42(5):1433-1439. |
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| 作者姓名： | 曾小玲 赵瑞丽 钟开勤 朱朝辉 谢鑫鑫 温庆放 |
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| 作者单位： | 1.福州市蔬菜科学研究所,福建福州 3501112.福建省农业科学研究院作物研究所 福建福州 350013 |
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| 基金项目： | 福建省科技厅农业科技重大专项(2018NZ0002-3) |
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| 摘 要： | 为探讨软腐病菌侵染下菜心转录组功能基因信息,采用BGISEQ-500高通量测序技术对软腐病菌侵染下菜心叶片进行转录组测序,平均每个样获得47.27 M clean reads,Q20值均大于95%,共检测到表达的Unigene为36 760个,其中已知的有35 327个,预测新Unigene有1 433个;共检测出19 549个新转录本,其长度主要集中在300~2000 nt。功能注释结果显示,有32 047个Unigene在Nr数据库获得注释,其中注释到芸薹属白菜上的Unigene最多;GO功能共注释到12 588个Unigene;KEGG数据库注释到18 583个Unigene,涉及到137个代谢通路。共获得21 776个组间差异表达基因（differential expression genes, DEGs）,其中对照与发病前期组间的DEGs有15 007个,6 137个上调表达,8 870个下调表达;发病前期与发病中期组间DEGs有13 118个,10 278个上调表达,2 840个下调表达;发病中期与发病后期组间DEGs有11 293个,1 790个上调表达,9 503个下调表达。DEGs的Ven图分析显示5 110个基因在每组间均存在差异,DEGs功能分析显示DEGs参与泛素蛋白降解途径、过氧化物酶体途径、光合碳固定途径、糖酵解途径等多种生命活动。本研究结果为深入开展菜心抗软腐病基因组学和分子生物学研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 菜心 软腐病 转录组 差异表达基因 |
| 收稿时间： | 2020-04-20 |
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