| 基于高通量技术的椭圆叶花锚叶绿体全基因组测序及系统发育分析 |
| |
| 引用本文： | 王虹雨,李锦萍,张瑞峰,张俊焱,刘力宽,曾阳.基于高通量技术的椭圆叶花锚叶绿体全基因组测序及系统发育分析[J].分子植物育种,2023(19):6364-6372. |
| |
| 作者姓名： | 王虹雨 李锦萍 张瑞峰 张俊焱 刘力宽 曾阳 |
| |
| 作者单位： | 1. 青海师范大学生命科学学院;2. 青海省人民政府-北京师范大学高原科学与可持续发展研究院 |
| |
| 摘 要： | 本研究采用Illumina NovaSeq测序平台对椭圆叶花锚叶绿体基因组(cpDNA)进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组全长序列153 341 bp,GC含量为38.2%。注释得到135个基因，包含88个蛋白编码基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和2个假基因。用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单重复序列分析和密码子偏好性分析。结果显示：(1)椭圆叶花锚cpDNA中共有173个符合条件的SSR位点。其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷数分别为128、34、4、6和1，未发现五核苷酸重复基序。(2)椭圆叶花锚cpDNA亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于17种植物构建的系统发育树显示，椭圆叶花锚所在的花锚属与獐牙菜属亲缘关系最近。本研究为椭圆叶花锚种质资源鉴定、评价以及亲缘关系研究提供依据。
|
| 关 键 词： | 椭圆叶花锚 叶绿体基因组 SSR 密码子偏好性 系统发育分析 |
|
|
