| 姜黄根茎的高通量转录组测序与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 吴萍,张松林,郭俊霞,王晓宇,李青苗.姜黄根茎的高通量转录组测序与生物信息学分析[J].分子植物育种,2023(15):4923-4934. |
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| 作者姓名： | 吴萍 张松林 郭俊霞 王晓宇 李青苗 |
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| 作者单位： | 四川省中医药科学院中药资源与种植研究所,四川省道地药材系统开发工程技术研究中心,中药材品质及创新中药研究四川省重点实验室 |
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| 摘 要： | 为获得姜黄(Curcuma longa)的转录组特征信息，本研究采用Illumina HiSeqΧTen高通量测序平台对姜黄根茎进行高通量转录组测序并进行系统的生物信息学分析。共获得7.18Gb Clean数据，组装了50194条unigenes，平均长度961.3 bp,N50为1 339 bp。数据库比对显示，姜黄根茎转录组unigenes在NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO、Pfam数据库中分别注释到38 802条(77.30%)、27 869条(55.52%)、14 725条(29.34%)、22 225条(44.28%)、37 317条(74.35%)、25 863条(51.53%)、26 137条(52.07%)。注释结果显示，姜黄与野生型马来西亚蕉的同源序列最多，unigenes在GO数据库中注释到参与生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50小类，KOG功能分类获得25个不同的功能群，涉及128个KEGG代谢通路，其中包括21个次生代谢通路。在植物抗性基因(PRG)数据库中分别注释到3 718条unigenes；借助MISA软件发现7 183...
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| 关 键 词： | 姜黄(Curcuma longa) 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 |
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