基于转录组序列的胡萝卜EST-SSR标记开发及遗传多样性分析 |
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引用本文: | 陈春艳,马杰,屈雯,马俊,王磊,杨佼,刘针杉,马维,周禹,孙勃.基于转录组序列的胡萝卜EST-SSR标记开发及遗传多样性分析[J].分子植物育种,2023(1):205-214. |
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作者姓名: | 陈春艳 马杰 屈雯 马俊 王磊 杨佼 刘针杉 马维 周禹 孙勃 |
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作者单位: | 1. 毕节市农业科学研究所;2. 四川农业大学园艺学院;3. 唐山市食品药品综合检验检测中心 |
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摘 要: | 胡萝卜(Daucus carota var. sativa)是一类重要的全球性蔬菜作物。为了全面了解其转录组SSR位点特点,并开发胡萝卜EST-SSR分子标记,本试验对胡萝卜的根、茎、叶混合组织进行转录组测序分析,共获得42 668条Unigene,其中6 611条Unigene序列中含有8 241个SSR位点,SSR发生频率为15.49%,平均分布为0.665 0 kb。主要优势重复序列为二核苷酸,占总SSR的45.35%。以48份胡萝卜为材料,从60对SSR引物中筛选出21对条带清晰稳定、多态性高的引物,其中有11对引物多态信息含量(PIC)大于0.500 0,属于高多态性引物,这些引物占开发引物的52.38%,表明筛选出的21对SSR引物具有较好的遗传多样性。聚类分析可将48份胡萝卜材料在相似系数为0.687 2处分为四类,聚类结果与胡萝卜颜色和产地存在一定的相关性。试验结果为胡萝卜的种质资源鉴定、品种鉴别和分子标记辅助育种等研究提供理论依据。
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关 键 词: | 胡萝卜(Daucus carota) 分子标记 EST-SSR 转录组 遗传多样性 |
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