| 辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析 |
| |
| 引用本文： | 雷阳,成妍,乔宁,焦彦生,苗如意,杨玉花.辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析[J].华北农学报,2019,34(3). |
| |
| 作者姓名： | 雷阳 成妍 乔宁 焦彦生 苗如意 杨玉花 |
| |
| 作者单位： | 山西省农业科学院蔬菜研究所,山西太原,030031;山西省农业科学院农作物品种资源研究所,山西太原,030031 |
| |
| 基金项目： | 山西省农科院博士基金;山西省农科院科技攻关计划重点项目 |
| |
| 摘 要： | 为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对。结果显示,有78.95%～85.11%的Clean数据比对到唯一的基因组位点。采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log_2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因。通过排列前10的Gene Ontology(GO)分类可以看出,主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程。其中,有117个差异基因能归入KEGG通路,包括25个上调差异基因,92个下调差异基因。在这些通路中,包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程。通过研究发现,辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等,这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础。
|
| 关 键 词： | 辣椒 辣椒疫病 转录组 差异表达基因 功能 |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
