| 利用RNA-Seq技术分析草鱼生长性状相关基因和SNP标记 |
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| 引用本文： | 孙雪,李胜杰,姜鹏,杜金星,周家辉,白俊杰.利用RNA-Seq技术分析草鱼生长性状相关基因和SNP标记[J].水产学报,2021,45(3):333-344. |
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| 作者姓名： | 孙雪 李胜杰 姜鹏 杜金星 周家辉 白俊杰 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院珠江水产研究所；上海海洋大学,中国水产科学研究院珠江水产研究所,中国水产科学研究院珠江水产研究所,中国水产科学研究院珠江水产研究所,中国水产科学研究院珠江水产研究所；上海海洋大学,中国水产科学研究院珠江水产研究所 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系专项(CARS-45-04); 中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2019ZX-001); 广州市科技计划项目(201906010004) |
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| 摘 要： | 为开发与草鱼生长性状相关基因及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,实验采用转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-Seq)对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析,共获得31 465万条高质量短读序(clean reads),经组装得到34 147条拼接基因(unigene),平均长度为1 060 bp,其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因,并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证,30个SNP标记分型成功,准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性,结果显示,unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型。unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平。这4个标记位于生长催乳素α基因(slα)、早期生长反应蛋白-1基因(egr-1)和肌球蛋白重链基因(myh)上。其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量(PIC)、平均期望杂合度(H_e)和平均观测杂合度(H_o)分别为0.300、0.377和0.363,表明草鱼选育群体遗传多样性较高。本研究获得与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记,为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料。
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| 关 键 词： | 草鱼 转录组测序 差异表达基因 SNP 生长性状 |
| 收稿时间： | 2019/9/25 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/5/16 0:00:00 |
RNA sequencing to identify genes and SNP markers associated with growth traits in Ctenopharyngodon idella |
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| SUN Xue,LI Shengjie,JIANG Peng,DU Jinxing,ZHOU Jiahui,BAI Junjie.RNA sequencing to identify genes and SNP markers associated with growth traits in Ctenopharyngodon idella[J].Journal of Fisheries of China,2021,45(3):333-344. |
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| Authors: | SUN Xue LI Shengjie JIANG Peng DU Jinxing ZHOU Jiahui BAI Junjie |
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| Institution: | Key Laboratory of Aquatic Genomics, Ministry of Agriculture, Key Laboratory of Tropical & Subtropical Fishery Resource Application & Cultivation of Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Pearl River Fisheries Research Institute of Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou 510380, China;National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China |
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| Keywords: | |
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