| 燕麦隐性核不育cSSR标记的开发及其验证 |
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| 引用本文： | 张丽君,刘龙龙,畅志坚,郭彬,崔林.燕麦隐性核不育cSSR标记的开发及其验证[J].草业学报,2015,24(7):146-154. |
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| 作者姓名： | 张丽君 刘龙龙 畅志坚 郭彬 崔林 |
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| 作者单位： | 1.山西省农业科学院农作物品种资源研究所,农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室,山西 太原 030031; 2.山西省农业科学院作物研究所,山西 太原 030031; 3.山西省晋中市寿阳县乡镇农产品质量安全监管站,山西 寿阳 045400 |
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| 基金项目： | 山西省农科院博士基金项目，山西省自然基金项目，山西省国际合作项目，国家燕麦荞麦产业技术体系(CARS-08-A-1)项目资助。 |
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| 摘 要： | 构建燕麦隐性核不育转录组数据库,开发cSSR标记,丰富燕麦分子标记数据库,并对隐性核不育相关cSSR标记进行验证,为充分利用燕麦种质资源及深入研究隐性核不育奠定基础。对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行转录组测序,利用软件对得到的EST序列进行SSR位点查找和分析,开发cSSR 引物。并用CAMS1×品燕2号F2代群体对所开发的雄性不育相关的cSSR引物进行验证。通过转录组测序获得的EST序列中6409条存在SSR位点,736条序列中有2个及2个以上SSR位点;在所有SSR位点中三核苷酸、二核苷酸重复序列最多,分别为4340(56.66%)和1768(24.30%)个。三核苷酸重复中,CCG/CGG(26.68%)、AGG/CTT(21.29%)、AGC/CTG(18.48%)出现的频率较多,二核苷酸重复中,以AG/CT(60.63%)和AC/GT(26.24%)出现的频率较高;根据开发的cSSR设计了13344对cSSR引物,选择与雄性不育相关且能设计引物的21条序列合成45对SSR引物。PCR检测表明,32对引物(71%)有扩增产物,其中11对cSSR引物在亲本间的扩增产物具有多态性,7对引物在可育和不育性状池间存在差异。本研究对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行了转录组测序,根据得到的EST序列开发了13344对cSSR 引物,并利用CAMS1×品燕2号F2代群体进行有效性检测,32对引物有扩增产物,7个标记可用于燕麦雄性不育材料的分子检测。
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| 关 键 词： | 燕麦 cSSR SSR 标记 |
| 收稿时间： | 2014-05-08 |
Development and functional verification of cSSR markers for recessive genetic male sterility in oats |
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| ZHANG Li-Jun,LIU Long-Long,CHANG Zhi-Jian,GUO Bin,CUI Lin.Development and functional verification of cSSR markers for recessive genetic male sterility in oats[J].Acta Prataculturae Sinica,2015,24(7):146-154. |
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| Authors: | ZHANG Li-Jun LIU Long-Long CHANG Zhi-Jian GUO Bin CUI Lin |
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| Institution: | 1.Crop Germplasm Resources Research Institute, Shanxi Academy of Agricultural Sciences;Key Laboratory of Crop Gene Resources and Germplasm Enhancement on Loess Plateau, Ministry of Agriculture, Taiyuan 030031, China; 2.Institute of Crop Science, Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Taiyuan 030031, China; 3.Quality and Safety Supervision of Township Agricultural Station, Shouyang 045400, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | oat (Avena sativa ) cSSR SSR |
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