| 艾纳香脱氢酶基因家族的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 白琳,官玲亮,查英,于福来,王凯,谢小丽,庞玉新,陈松笔.艾纳香脱氢酶基因家族的生物信息学分析[J].热带作物学报,2020,41(6):1145-1153. |
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| 作者姓名： | 白琳 官玲亮 查英 于福来 王凯 谢小丽 庞玉新 陈松笔 |
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| 作者单位： | 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所/农业农村部华南作物基因资源与种质创制重点开放实验室/海南省艾纳香工程技术研究中心,海南儋州 5717372.黑龙江八一农垦大学农学院,黑龙江大庆 163319 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31870317);海南省自然科学基金项目(2019RC316);中国热带农业科学院基本科研业务费(1630032020041) |
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| 摘 要： | 采用RT-PCR和RACE（Rapid amplification of cDNA ends）技术,从艾纳香（Blumea balsamifera (L.) DC.）叶片中克隆到4条编码艾纳香脱氢酶（BbADH1、BbADH2、BbADH3、BbADH4）基因的cDNA序列,并对4条核苷酸及其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示:4条艾纳香脱氢酶序列开放阅读框均在900 bp左右,蛋白质等电点（pI）值在5.0~9.0之间,含量最多的氨基酸为亮氨酸（Leu）,最少的为色氨酸（Try）,具有明显的疏水区和亲水区,N端未发现信号肽,且无跨膜区;同源性比对结果显示,艾纳香BbADH蛋白与其他植物中ADH蛋白具有高度的相似性,且具有脱氢酶的特征功能域;系统发育分析表明,艾纳香（B. balsamifera (L.) DC.）BbADH1和BbADH3同处于一个分支,且与胡杨（Populus euphratica Oliv.）PeADH物种亲缘关系较近,而艾纳香BbADH4和BbADH2处于不同分支,且分别与葡萄（Vitis vinifera）VvADH和烟草（Nicotiana tabacum）NtADH物种亲缘关系较近。
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| 关 键 词： | 艾纳香 艾纳香脱氢酶（BbADH） 氨基酸序列 保守区 系统发育分析 |
| 收稿时间： | 2019-03-10 |
Bioinformatics Analysis of Dehydrogenase Genes Family from the Blumea balsamifera (L.) DC. |
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| BAI Lin,GUAN Lingliang,ZHA Ying,YU Fulai,WANG Kai,XIE Xiaoli,PANG Yuxin,CHEN Songbi.Bioinformatics Analysis of Dehydrogenase Genes Family from the Blumea balsamifera (L.) DC.[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2020,41(6):1145-1153. |
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| Authors: | BAI Lin GUAN Lingliang ZHA Ying YU Fulai WANG Kai XIE Xiaoli PANG Yuxin CHEN Songbi |
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| Institution: | 1. Tropical Crops Genetic Resources Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences / Hainan Provincial Engineering Research Center for Blumea balsamifera / Key Laboratory of Crop Gene Resources and Germplasm Enhancement in Southern China, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Danzhou, Hainan 571737, China2. College of Agriculture, Heilongjiang Bayi Agricultural University, Daqing, Heilongjiang 163319, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Blumea balsamifera (L ) DC dehydrogenase (BbADH) amino acid sequence conserved region phylogenetic analysis |
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