| 黄带拟鲹线粒体基因组测序及鲹科鱼类系统发育分析 |
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| 引用本文： | 王开杰,姜燕,徐永江,柳学周,崔爱君,王滨,薛志勇,毛成全.黄带拟鲹线粒体基因组测序及鲹科鱼类系统发育分析[J].水产学报,2022,46(11):2017-2027. |
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| 作者姓名： | 王开杰 姜燕 徐永江 柳学周 崔爱君 王滨 薛志勇 毛成全 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室; 浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心,中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所，青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2019YFD0900901,2018YFD0901204,2020YFD0900605)；山东省支持青岛海洋科学与技术试点国家实验室重大科技专项(2018SDKJ0303-1)；中国水产科学研究院黄海水产研究所基本科研业务费资助(20603022021011)；中国水产科学研究院创新团队(TD47,2021GH05)和财政部和农业农村部：国家现代农业产业技术体系(CARS-47)资助 |
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| 摘 要： | 摘要: 为深入开展黄带拟鲹种质鉴定、分类及遗传进化等研究，通过二代高通量测序与生物信息学分析，揭示了黄带拟鲹(Pseudocaranx dentex)线粒体基因组全序列基因结构及鲹科鱼类系统发育特征。结果显示，黄带拟鰺线粒体基因组为典型的环状DNA结构，序列全长为16 570 bp，碱基组成分别为A(27.2 %)、G(17.18%)、C(30.24%)和T(25.38%)，包括13种蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因，除ND6、tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro外，其余基因均在H链上编码，且基因组存在多处重叠区域。除CO Ⅰ和ND5的起始密码子分别为ATC和ATA外，其余11个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG，以典型的TAA和TAG为终止密码子，在Cyt b中存在不完全终止密码子T；黄带拟鲹线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.58%和51.55%，非编码控制区(D-loop)A+T富含61.69%，具有明显的AT偏好性。除tRNASer-(GCT)外，其余21个tRNA均含典型三叶草二级结构。为进一步研究黄带拟鲹系统进化特性，通过与18种鲹科鱼类线粒体基因组全序列及16S rRNA基因构建系统进化树显示，黄带拟鲹与高体若鲹同属一个分支，亲缘关系最近。结果可为黄带拟鲹物种鉴别、遗传多样性评价与保护提供技术依据。
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| 关 键 词： | 黄带拟鲹 线粒体基因组 序列分析 系统发育 |
| 收稿时间： | 2021/7/7 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/10/24 0:00:00 |
Complete mitochondrial genome sequence of Pseudocaranx dentex and phylogenetic analysis of Carangidae |
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| WANG Kaijie,JIANG Yan,XU Yongjiang,LIU Xuezhou,CUI Aijun,WANG Bin,XUE Zhiyong,MAO Chengquan.Complete mitochondrial genome sequence of Pseudocaranx dentex and phylogenetic analysis of Carangidae[J].Journal of Fisheries of China,2022,46(11):2017-2027. |
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| Authors: | WANG Kaijie JIANG Yan XU Yongjiang LIU Xuezhou CUI Aijun WANG Bin XUE Zhiyong MAO Chengquan |
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| Institution: | Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes,Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology Qingdao;National Engineering Research Center For Marine Aquaculture,Zhejiang Ocean University,Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes,Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology Qingdao,Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes,Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology Qingdao,Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes,Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology Qingdao,Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes,Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology Qingdao,Yellow Sea Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes,Pilot National Laboratory for Marine Science and Technology Qingdao |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Pseudocaranx dentex mitochondrial genome sequence analysis phylogeny |
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