| HpaG_(Xoo)蛋白的结构与功能分析(英文) |
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| 引用本文： | 任秀艳,冯雪,侯志敏,张倩倩.HpaG_(Xoo)蛋白的结构与功能分析(英文)[J].农业科学与技术,2010,11(2). |
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| 作者姓名： | 任秀艳 冯雪 侯志敏 张倩倩 |
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| 作者单位： | 廊坊师范学院生命科学学院,河北廊坊,065000 |
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| 基金项目： | 廊坊师范学院科学研究资助项目 |
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| 摘 要： | 目的]分析HpaGXoo蛋白的结构与功能,为研究两者的关系提供理论依据。方法]利用ISREC(http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html)中提供的工具SAPS进行分子量、分子式、等电点、氨基酸所占比例、带电荷情况等参数的在线分析,并利用瑞士生物信息学研究所提供的ProtParam(http://us.expasy.org/cgi-bin/protparam)程序进行氨基酸残基数目、组成、蛋白质相对分子质量、理论等电点及平均可塑性、疏水性等参数的分析;利用NPSA(http://npsa-pbil.ibcp.fr)中的MLRC程序在线分析α-螺旋、无规则卷曲以及延伸链等的预测;利用TMHMM2.0Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)和TMpred(http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html)2个软件同时对HpaGXoo蛋白序列的跨膜区域进行分析,用SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)服务器预测HpaGXoo的信号肽;用PSORTWWWServer(http://psort.nibb.ac.jp/)中的PSORTPrediction工具进行细胞定位;利用网站Expasy(http://au.expasy.org/tools/)中SwissModel程序可同源建模,推测HpaGXoo蛋白的三维结构或用Phyre(前身3D-PSSM)(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/～phyre/)软件预测蛋白质三级结构;通过确定一些保守区域的氨基酸,预测蛋白质的功能。结果]HpaGXoo蛋白由139个氨基酸组成,分子量为13726.7Da,理论等电点为4.07。该蛋白分子式为C569H896N174O212S5,酸性氨基酸残基总数(Asp+Glu)为10,碱性氨基酸残基总数(Arg+Lys)为3;疏水性的总平均值(GRAVY)为-0.553。HpaGXoo二级结构中,α-螺旋与无规则卷曲的数量与所占百分比分别为34与105、24.46%与75.54%。可见,该蛋白富含无规则卷曲和α-螺旋结构。HpaGXoo跨膜区域为零,且在跨膜区域中的氨基酸序列期望值为0.03331,该结果在大于18时才有跨膜区域,故该蛋白没有跨膜区域。HpaGXoo蛋白没有信号肽存在。HpaGXoo蛋白存在于细胞质中的可能性为21.4%,而在细菌壁膜间隙、外膜、内膜都无法确定是否有该蛋白的存在。HpaGXoo蛋白的二级结构中主要为α-螺旋和无规则卷曲,并且占相当比例,而无β-折叠存在。HpaGXoo蛋白分子量小,只有139个氨基酸残基,属于结构简单的蛋白,故推测其全蛋白可能就是一个功能结构域,或是一部分功能结构域。结论]该研究为深入研究HpaG的分子结构及其结构与功能的关系奠定了基础。
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| 关 键 词： | HpaGXoo蛋白 生物信息 结构分析 功能预测 |
Analysis of the Protein Structure and Function of HpaGXoo |
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| REN Xiu-yan,FENG Xue,HOU Zhi-min,ZHANG Qian-qian.Analysis of the Protein Structure and Function of HpaGXoo[J].Agricultural Science ＆ Technology,2010,11(2). |
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| Authors: | REN Xiu-yan FENG Xue HOU Zhi-min ZHANG Qian-qian |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | HpaGXoo Bioinformatics Structure analysis Function prediction |
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