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| 杏EST-SSR标记的开发 | |
| 引用本文： | 上官凌飞,李晓颖,宁宁,王玉柱,章镇,房经贵.杏EST-SSR标记的开发[J].园艺学报,2011,38(1):43-54. |
| 作者姓名： | 上官凌飞 李晓颖 宁宁 王玉柱 章镇 房经贵 |
| 作者单位： | 1. 南京农业大学园艺学院,南京,210095 2. 南京农业大学园艺学院，南京,210095;北京市农林科学院林业果树研究所,北京,100093 3. 北京市农林科学院林业果树研究所,北京,100093 |
| 基金项目： | 国家科技支撑计划项目，林业公益性行业科研专项，北京市自然科学基金重点项目 |
| 摘 要： | 利用MISA软件对NCBI上杏的15 387条EST序列进行SSR位点查找，发掘出含有SSR位点的序列1 073条，共有1 353个SSR位点，候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型，分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增，发现40对引物能扩增出理想的PCR 产物，其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析，发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点，对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算，从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种，16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析，结果表明，来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性，杏和梅是遗传差异明显的两种植物，果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。 |
| 关 键 词： | 杏 梅 EST-SSR 遗传差异分析 |
Development of EST-SSR Markers in Apricot |
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| SHANGGUAN Ling-fei,LI Xiao-ying,NING Ning,WANG Yu-zhu,ZHANG Zhen,FANG Jing-gui.Development of EST-SSR Markers in Apricot[J].Acta Horticulturae Sinica,2011,38(1):43-54. | |
| Authors: | SHANGGUAN Ling-fei LI Xiao-ying NING Ning WANG Yu-zhu ZHANG Zhen FANG Jing-gui |
| Institution: | SHANGGUAN Ling-fei1,LI Xiao-ying1,NING Ning1,2,WANG Yu-zhu2,ZHANG Zhen1,and FANG Jing-gui1(1College of Horticulture,Nanjing Agricultural University,Nanjing 210095,China,2Institute of Forestry Pomology Academy of Agricultural and Forestry Sciences,Beijing 100093,China) |
| Abstract: | 15 387 ESTs of apricot from NCBI were screened using MISA software.The results showed that 1 353 SSRs were mined from 1 073 ESTs with a frequency of 8.79%.Di-,tri-and tetra nucleotide repeats EST-SSRs were dominant,accounting for 23.50%,38.80% and 23.43%,respectively.Fifty primer pairs were designed for partial EST-SSRs and used for PCR amplification with 40 primer pairs showing amplifications while 25 were polymorphic.PCR products from 7 EST-SSR primer pairs were selected for sequence analysis where 57.1% ... |
| Keywords: | EST-SSR |
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