| 红芽芋及荔浦芋叶绿体基因组测序及比较分析 |
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| 引用本文： | 贾芯碧,潘饶,肖遥,罗莎,单楠,孙静宇,汪生林,周庆红,黄英金,朱强龙.红芽芋及荔浦芋叶绿体基因组测序及比较分析[J].热带作物学报,2023(5):880-893. |
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| 作者姓名： | 贾芯碧 潘饶 肖遥 罗莎 单楠 孙静宇 汪生林 周庆红 黄英金 朱强龙 |
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| 作者单位： | 江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（No.32060683）；;江西省自然科学基金项目（No.20202ACBL215006）； |
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| 摘 要： | 为明确红芽芋、荔浦芋叶绿体基因组的基本特征及其差异，本研究以江西铅山红芽芋和广西荔浦芋为研究对象，采用改良CTAB法提取2种芋新鲜叶片基因组DNA，利用高通量测序技术获得2种芋全长叶绿体基因组序列，并进行SSR检测、序列比对、遗传多样性滑窗分析和系统发育树构建分析。结果表明，红芽芋和荔浦芋的叶绿体基因组全长分别为162 478 bp和162 453 bp，均呈现典型的环状双链四分体结构，二者均注释到131个基因，包括蛋白编码基因86个，tRNA基因37个，rRNA基因8个，其中具有2个拷贝的基因18个，具有内含子的基因23个。简单重复序列（SSR）位点分析发现，红芽芋和荔浦芋基因组序列分别含有130和124个SSR，二者SSR序列中A/T碱基含量分别占63.08%和61.29%，基于其SSR位点分析开发出15条具有多态性的SSR引物。红芽芋和荔浦芋叶绿体基因组共检测到236个SNP位点，26.7%的SNP位点发生在编码区，其中有25个基因发生错位突变，这些基因的变异可能促进了2种芋之间的性状变异。与天南星亚科已公布的13个属代表植物叶绿体基因组进行比较，其基因结构、种类和数量都比较保守...
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| 关 键 词： | 红芽芋 荔浦芋 叶绿体基因组 SSR SNP 系统发育分析 |
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