| 杜鹃花叶片转录组测序数据组装及功能注释 |
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| 引用本文： | 王华,汪王微,王冬良,张石虎,胡新芳,卢诗雨,龚雪梅.杜鹃花叶片转录组测序数据组装及功能注释[J].浙江农业学报,2018,30(7):1149. |
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| 作者姓名： | 王华 汪王微 王冬良 张石虎 胡新芳 卢诗雨 龚雪梅 |
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| 作者单位： | 1.安徽农业大学 园艺学院 观赏园艺系,安徽 合肥 230036;2.阜阳职业技术学院 生化工程系,安徽 阜阳 236031 |
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| 基金项目： | 安徽省高校自然科学研究项目(KJ2016A237,KJ2016A558) |
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| 摘 要： | 采用2代 Illumina Hi-Seq 测序技术对2年生杜鹃花白凤4号(Rhododendron pulchurum cv. BaiFeng 4)扦插苗叶片的转录组进行测序,获得了213 723 424条 Clean reads数据,经过质控和De novo。组装共获得平均长度为930 nt的53 568个Unigenes。与Nr、Swiss-Prot、KOG、KEGG四大数据库进行BLAST信息比对(E-value≤10-5),共获得28 877个注释基因。与Nr数据库序列同源性比较发现,杜鹃花与葡萄(Vitis vinifera)具有较高的同源性,而与其他物种的同源性较低。杜鹃花转录组的Unigenes在KOG数据库比对上30 508个注释,分为25类。在GO数据库比对上17 218个Unigenes,其中与抗逆有关的Unigenes有11 928个。在KEGG数据库的132条代谢通路中富集了6 475个杜鹃花Unigenes,其中注释到植物激素生物合成代谢途径和信号转导途径的有384个。同时,有1 062个Unigenes被注释为转录因子,有8 738条SSR标记被挖掘。
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| 关 键 词： | 杜鹃花 转录组 测序 基因功能注释 |
| 收稿时间： | 2017-09-18 |
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