| 青田田鱼幼鱼脑组织在急性低氧胁迫、复氧恢复的转录组分析 |
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| 引用本文： | 刘韬,齐明,高阳,刘其根.青田田鱼幼鱼脑组织在急性低氧胁迫、复氧恢复的转录组分析[J].上海海洋大学学报,2023,32(1):79-88. |
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| 作者姓名： | 刘韬 齐明 高阳 刘其根 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学 水产科学国家级实验教学示范中心, 上海 201306;上海海洋大学 农业农村部鱼类营养与环境生态研究中心, 上海 201306;上海海洋大学 上海市水产养殖工程技术研究中心, 上海 201306 |
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| 基金项目： | 上海高校知识服务平台资助项目(ZF1206) |
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| 摘 要： | 为了解青田田鱼(Cyprinus carpio var. qingtianensis, Paddy Field Carp)对稻田急性溶氧变化的水环境适应性, 依据青田田鱼对低氧耐受性参数及当地稻田水环境溶氧日变化的实际情况模拟急性低氧和复氧环境,基于RNA-seq技术对青田田鱼幼鱼常氧对照组温度:(25.37±0.76)℃,溶氧:(7.07±0.39)mg/L,CB组],低氧胁迫6 h组温度:(25.65±0.76)℃,溶氧:(0.57±0.16)mg/L,HB组]和复氧恢复6 h组温度:(25.78±0.58)℃,溶氧:(7.21±0.53)mg/L,RB组]脑组织进行转录组分析。结果表明:HB组与CB组文库比较发现存在1 094个差异基因,其中,730个上调,364个下调;RB组与HB组文库比较发现2 288个差异基因,其中,803个上调,1 485个下调;RB组与CB组文库比较发现201个差异基因,其中,80个上调,121个下调。进一步将差异表达基因进行 GO 功能注释和 KEGG 富集分析发现差异基因主要富集在糖酵解/糖异生、HIF-1信号、mTOR信号及VEGF信号等通路上。通过RT-qPCR对糖酵解/糖异生及相关通路中的6个差异基因进行验证,证实了转录组测序结果的可靠性。这些结果为研究青田田鱼在急性溶氧变化环境下的生理调节机制提供了分子生物学的基础研究。
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| 关 键 词： | 青田田鱼 低氧胁迫 复氧恢复 转录组 |
| 收稿时间： | 2021/5/8 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2022/1/12 0:00:00 |
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