| 转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因 |
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| 引用本文： | 王明霞,田红梅,江海坤,贾,利,王,艳,方,凌.转录组测序技术筛选安徽乌菜与普通白菜的差异表达基因[J].中国蔬菜,2018,1(12):23-28. |
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| 作者姓名： | 王明霞 田红梅 江海坤 贾 利 王 艳 方 凌 |
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| 作者单位： | （;1. 安徽省农业科学院园艺研究所，安徽合肥 230031；;2. 园艺作物种质创新与生理生态安徽省重点实验室，安徽合肥 230031） |
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| 基金项目： | 安徽省自然科学基金项目（1508085QC58），国家大宗蔬菜产业技术体系项目（CARSA-23-G39） |
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| 摘 要： | 乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。
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| 关 键 词： | 乌塌菜 普通白菜 转录组测序 差异表达基因 |
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