油棕转录组SSR 标记开发研究 |
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引用本文: | 周丽霞,肖勇袁,杨耀东.油棕转录组SSR 标记开发研究[J].广东农业科学,2014,41(14):136-138. |
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作者姓名: | 周丽霞 肖勇袁 杨耀东 |
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作者单位: | 中国热带农业科学院椰子研究所/海南省热带油料作物生物学重点实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31101179) |
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摘 要: | 从NCBI网站下载4072 条油棕EST,结合文献报道的油棕果肉转录组序列信息,通过聚类拼接和处理,得到全长为32637.947 kb的无冗余序列20054条。在这些序列中共检索出4 538 个SSR袁检出率为22.6%遥其中以单核苷酸重复基序为主导类型袁出现频率为51.2%,二核苷酸、三核苷酸重复基序的出现频率分别为20.4%和17.9%。随机挑选了400对SSR引物进行PCR 多态性检测,获得29对PCR多态性引物,并随机选取11引物进行验证,在4种不同来源的油棕样本中表现出多态性。
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关 键 词: | 油棕 转录组 SSR |
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