| 番红花种球中虎眼万年青花叶病毒的分子鉴定与序列分析 |
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| 引用本文： | 廖富荣,林武镇,陈细红,陈青,陈红运,黄蓬英,方志鹏,吴媛,沈建国,林石明.番红花种球中虎眼万年青花叶病毒的分子鉴定与序列分析[J].中国农业科学,2017,50(20):4046-4054. |
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| 作者姓名： | 廖富荣 林武镇 陈细红 陈青 陈红运 黄蓬英 方志鹏 吴媛 沈建国 林石明 |
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| 基金项目： | 福建省自然科学基金（2015J01148）、国家质量监督检验检疫总局科技计划（2015IK190）、厦门市科技计划（3502Z20154080） |
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| 摘 要： | 【目的】对一批荷兰进境番红花种球(Crocus sativus)进行病毒鉴定,以防止危险性病毒传入危害。【方法】根据已报道的马铃薯Y病毒科(Potyviridae)通用引物(Sprimer和M4T),采用RT-PCR方法对一批番红花种球样品进行检测,取其中一个RT-PCR产物进行克隆测序,利用Gen Bank上的基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)和MEGA 6中的基于对数期望的多重序列比较(Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation,MUSCLE)进行序列比对分析,并根据外壳蛋白基因(coat protein,CP)序列利用最大似然法(maximum likelihood method)进行系统发育分析。【结果】RT-PCR检测结果显示该批样品扩增到一条约1.7 kb的预期大小片段,说明该批番红花种球样品中存在Potyviridae科病毒。测序获得长度为1 666bp的序列(命名为2677-NL),含有部分核内含体b基因(nuclear inclusion b,NIb)、完整的CP和3′端非编码区(3′-UTR),其核苷酸序列与虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,Or MV)的SW3.3分离物具有最高序列一致性(99.6%),与Or MV参考基因组序列(Reference genomic sequences,Ref Seq;NC_019409)的序列一致性为99.1%。该分离物的CP与6个Or MV印度分离物(JQ686722、JQ686720、JN692498、JN692497、JN692496、JF682235)的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为71.5%—77.3%和65.7%—79.7%,与其他32个Or MV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为77.9%—99.5%和82.9%—99.2%。基于CP进行的系统发育分析表明,Or MV可分为两个类群,而2677-NL与5个澳大利亚分离物(JQ807995、JQ807996、NC_019409、AF185964、AF185965)相聚成簇,表明其在系统发育关系上与Or MV澳大利亚分离物的亲缘关系最近。【结论】根据国际病毒分类委员会(ICTV)关于Potyviridae科病毒种类的分类标准,2677-NL为Or MV的一个分离物,证实该批番红花种球受到Or MV的侵染。这是世界上首次在番红花中发现Or MV的报道。
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| 关 键 词： | 虎眼万年青花叶病毒 番红花 RT-PCR 新寄主 |
| 收稿时间： | 2017-05-02 |
Molecular identification and sequence analysis of Ornithogalum mosaic virus in saffron (Crocus sativus) corms |
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| LIAO FuRong,LIN WuZhen,CHEN XiHong,CHEN Qing,CHEN HongYun,HUANG PengYing,FANG ZhiPeng,WU Yuan,SHEN JianGuo,LIN ShiMing.Molecular identification and sequence analysis of Ornithogalum mosaic virus in saffron (Crocus sativus) corms[J].Scientia Agricultura Sinica,2017,50(20):4046-4054. |
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| Authors: | LIAO FuRong LIN WuZhen CHEN XiHong CHEN Qing CHEN HongYun HUANG PengYing FANG ZhiPeng WU Yuan SHEN JianGuo LIN ShiMing |
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| Institution: | 1.Inspection and Quarantine Technology Center, Xiamen Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau, Xiamen 361026, Fujian;2.Key Laboratory of Biopesticide and Chemical Biology, Ministry of Education, Fuzhou 350002;3.Inspection and Quarantine Technology Center, Fujian Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau, Fuzhou 350003 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Ornithogalum mosaic virus Crocus sativus RT-PCR new host |
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