| 韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发 |
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| 引用本文： | 李延龙,张华敏,崔蕴刚,陈建华,吕爱芹,李纪军,李艺潇.韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发[J].园艺学报,2020,47(4):759-768. |
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| 作者姓名： | 李延龙 张华敏 崔蕴刚 陈建华 吕爱芹 李纪军 李艺潇 |
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| 作者单位： | 平顶山市农业科学院，河南省韭菜工程技术研究中心，河南平顶山 467001 |
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| 基金项目： | 国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-24-A-11） |
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| 摘 要： | 利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个，其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT（2.54%）、CA/TG（2.29%）、GAA/TTC（1.85%）和AAG/CTT（1.60%）。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间，其中小于20 bp的有11 128个（84.88%），大于20 bp的有1 983个（15.12%）。根据这些SSR位点，共设计出3 311对SSR引物，在随机选取的208对引物中有164对（78.85%）能进行有效扩增，其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41，鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明，基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。
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| 关 键 词： | 韭菜 全长转录组 SSR 无融合生殖 |
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