| 柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析 |
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| 引用本文： | 何容,王书平,王涛,许佳丹,滕凯,王寅鹏,贺康,李飞.柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析[J].植物保护学报,2021,48(6):1429-1437. |
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| 作者姓名： | 何容 王书平 王涛 许佳丹 滕凯 王寅鹏 贺康 李飞 |
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| 作者单位： | 浙江大学昆虫科学研究所, 浙江省作物病虫生物学重点实验室, 杭州 310058;上海海关, 上海 200135 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31901952） |
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| 摘 要： | 为探究柑橘大实蝇Bactrocera minax的全基因组信息，以海关口岸截获的柑橘大实蝇样本为材料，提取DNA后构建350 bp短片段文库，采用Illumina二代测序平台开展全基因组测序，进行基因组组装、完整性评估和注释分析。结果表明，柑橘大实蝇的基因组大小为368.14 Mb，重复序列占比为16.27%，杂合率为0.79%，属于中等杂合度基因组。基因组组装得到43 124条contigs，contig N50长度为94 994 bp。BUSCO评估显示，组装的基因组可完整覆盖98.80%昆虫保守的单拷贝直系同源基因，表明该组装的完整性很高，可以满足后续分析。通过EVM注释流程整合了从头预测、同源预测和基于转录组预测等不同方法的注释结果，共预测到35 655个蛋白编码基因，其中24 343个基因有功能注释。
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| 关 键 词： | 柑橘大实蝇 基因组测序 基因组组装 基因组注释 |
| 收稿时间： | 2021/9/25 0:00:00 |
The low-coverage genome of Chinese citrus fruit fly Bactrocera minax and its analysis |
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| He Rong,Wang Shuping,Wang Tao,Xu Jiadan,Teng Kai,Wang Yinpeng,He Kang,Li Fei.The low-coverage genome of Chinese citrus fruit fly Bactrocera minax and its analysis[J].Acta Phytophylacica Sinica,2021,48(6):1429-1437. |
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| Authors: | He Rong Wang Shuping Wang Tao Xu Jiadan Teng Kai Wang Yinpeng He Kang Li Fei |
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| Institution: | Key Laboratory of Biology of Crop Pathogens and Insects of Zhejiang Province, Institute of Insect Sciences, Zhejiang University, Hangzhou 310058, Zhejiang Province, China;Shanghai Customs, Shanghai 200135, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Bactrocera minax genome sequencing genome assembly genome annotation |
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