| 基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件 |
| |
| 引用本文： | 杨利艳,张玉荣,杨雅舒,王美霞,陈保国,赵丽,张丽光,王创云.基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件[J].河南农业大学学报,2020,54(2):181-188. |
| |
| 作者姓名： | 杨利艳 张玉荣 杨雅舒 王美霞 陈保国 赵丽 张丽光 王创云 |
| |
| 作者单位： | 山西师范大学生命科学学院,山西临汾 041004,山西师范大学生命科学学院,山西临汾 041004,山西师范大学生命科学学院,山西临汾 041004,山西省农业科学院作物科学研究所,山西太原 030031,山西省农业科学院作物科学研究所,山西太原 030031,山西省农业科学院作物科学研究所,山西太原 030031,山西省农业科学院作物科学研究所,山西太原 030031,山西省农业科学院作物科学研究所,山西太原 030031 |
| |
| 基金项目： | 山西省重点研发计划项目 |
| |
| 摘 要： | 采用Illumina Hiseq~(TM)分别对黏虫取食的玉米叶片及对照组材料进行转录组测序,鉴定和分析响应黏虫取食基因的可变剪接事件。结果表明,对照组中鉴定出15 701个基因对应79 363个可变剪接事件,黏虫取食组中鉴定到11 791个基因的39 385个可变剪接事件。2组玉米基因组在不同的可变剪接类型中,均是以第1个外显子可变剪切、最后1个外显子可变剪切、单内含子滞留和可变5′或3′端剪切4种类型为主。对2组发生可变剪接事件的基因进行比对发现,黏虫处理组新增加了1 121个可变剪接基因,差异表达分析鉴定出177个表达显著差异的可变剪接基因。GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于氧化还原酶活性、转移酶活性、DNA结合、ATP结合、代谢过程、以DNA为模板的转录及调控相关的功能,表明这些可变剪接差异表达基因参与了玉米的抗虫响应过程。
|
| 关 键 词： | 玉米 可变剪接 抗虫 RNA-seq |
Analysis of alternative splicing events of insect-resistant response genes based on RNA-seq data in Zea mays |
| |
| YANG Liyan,ZHANG Yurong,YANG Yashu,WANG Meixia,CHEN Baoguo,ZHAO Li,ZHANG Liguang,WANG Chuangyun.Analysis of alternative splicing events of insect-resistant response genes based on RNA-seq data in Zea mays[J].Journal of Henan Agricultural University,2020,54(2):181-188. |
| |
| Authors: | YANG Liyan ZHANG Yurong YANG Yashu WANG Meixia CHEN Baoguo ZHAO Li ZHANG Liguang WANG Chuangyun |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
