| ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析 |
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| 引用本文： | 田文杰,王丹丹,王圣楠,马月辉,蒋琳,宋子仪.ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析[J].中国畜牧兽医,2022,49(5):1662-1670. |
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| 作者姓名： | 田文杰 王丹丹 王圣楠 马月辉 蒋琳 宋子仪 |
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| 作者单位： | 1. 广西大学动物科学技术学院, 南宁 530000;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193 |
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| 基金项目： | 广西自然科学基金面上项目（2020GXNSFAA297043）；国家重点研发计划项目（2020YFA0509503） |
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| 摘 要： | 【目的】 探究锌指BED结构域结合蛋白6(zinc finger BED domain-containing protein 6，ZBED6)基因敲除对猪肾脏组织基因转录表达的影响，并解析ZBED6基因调控猪肾脏代谢的靶基因及其通路。【方法】 对8月龄ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6 KO)和同月龄野生型巴马香猪(WT)的肾脏组织(n=3)进行总RNA提取，利用实时荧光定量PCR检测胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2，IGF2)和差异基因的表达量;以Illumina Hiseq高通量测序技术对ZBED6 KO和WT猪肾脏组织mRNA进行转录组测序(RNA-Seq)，用猪Sus scrofa 11.1作为参考基因组序列，通过生物信息学软件TopHat、Cufflink、Cuffmerge和Cuffdiff对测序数据进行分析，筛选ZBED6 KO和WT猪肾脏组织中的差异表达基因，对差异表达基因进行层次聚类和KEGG通路富集分析，并通过实时荧光定量PCR验证RNA-Seq结果中差异表达基因的可靠性。【结果】 实时荧光定量PCR结果显示，ZBED6 KO猪肾脏IGF2基因mRNA表达量显著高于WT猪(P<0.05)。测序共获得78 G数据量，每个样本比对率在87.3%以上，测序质量良好;ZBED6 KO和WT猪肾脏组织之间共检测到25 213个基因，以调整后P<0.05和log2|FoldChange|>2为筛选标准，得到299个差异表达基因，其中上调的基因103个，下调的基因199个。热图和主成分分析(PCA)结果显示，ZBED6 KO和WT组猪肾脏基因组内表达模式相似，组间表达模式不同;KEGG通路富集分析显示，差异基因主要参与视黄醇及疾病代谢相关通路。ZBED6基因敲除后，其中有9个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、ENSSSCG00000036274、RDH16、CYP2A19、ENSSSCG00000022724、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)被富集到视黄醇代谢通路中，可能参与调控猪肾脏代谢平衡。实时荧光定量PCR检测发现，7个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、RDH16、CYP2A19、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)的表达模式与RNA-Seq分析结果一致，证实RNA-Seq结果的可靠性。【结论】 本试验利用RNA-Seq技术分析了ZBED6基因敲除对巴马香猪肾脏代谢的影响，其通过调控肾脏多个下游基因表达，从而影响其代谢相关信号通路，试验结果为阐明ZBED6基因功能提供了材料。
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| 关 键 词： | 猪 ZBED6基因 肾脏 代谢 RNA-Seq 差异表达基因 |
| 收稿时间： | 2021-12-03 |
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