| 鸡miR-10b-5p生物信息学及组织表达分析 |
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| 引用本文： | 黄正洋,赵振华,黄华云,李春苗,王钱保,穆春宇,黎寿丰.鸡miR-10b-5p生物信息学及组织表达分析[J].中国畜牧兽医,2022,49(4):1262-1270. |
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| 作者姓名： | 黄正洋 赵振华 黄华云 李春苗 王钱保 穆春宇 黎寿丰 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院家禽研究所, 扬州 225009 |
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| 基金项目： | 财政部和农业农村部:现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-41-Z05);江苏省农业自主创新资金项目(CX(20)2012);江苏省科技成果转化项目(BA2019049);江苏省种业振兴揭榜挂帅项目(JBGS(2021)109) |
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| 摘 要： | 【目的】 通过对苏禽3号肉鸡的miR-10b-5p进行靶基因预测、生物信息学分析及其在鸡不同生长时期组织表达变化规律研究,探索其在鸡肌肉生长发育中作用。【方法】 通过文献和miRBase检索脊椎动物的miR-10b-5p序列,利用Ensembl数据库查询并确定miR-10b-5p在基因组中的位置,根据前体序列构建系统进化树;使用miRDB、microT和TargetScan网站预测miR-10b-5p靶基因,并对靶基因进行GO功能和KEGG通路分析,进而揭示miR-10b-5p的基因功能。采用实时荧光定量PCR技术检测不同生长时期鸡miR-10b-5p组织表达量,探索其在大脑、小脑、垂体、下丘脑、胸肌、腿肌、卵巢、心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织中表达变化。【结果】 miRBase检索共获得59种动物59条miR-10b-5p序列,即每一种动物都只有一种miR-10b-5p形式。基因定位分析发现,鸡miR-10b-5p位于2号染色体上的HOX基因家族中。常见物种miR-10b-5p成熟序列比对分析结果表明,miR-10b-5p的成熟序列相似性较高,物种间较为保守。系统进化树分析发现,miR-10b在哺乳类中的灵长目、啮齿目、鸟类、鱼类中各自先聚为一支,然后再共同聚为一类,这表明miR-10b在进化过程中是保守的。靶基因预测发现,miR-10b-5p共有300个靶基因。GO功能分析发现,靶基因主要富集到染色质组装和基因表达的转录后调控、组蛋白甲基转移酶复合物、转录因子复合物等功能。KEGG通路分析表明,靶基因主要富集到Wnt和p53信号通路上。组织表达分析显示,miR-10b-5p在检测的各个组织中均有表达;3日龄时大脑、小脑、垂体、胸肌和腿肌中miR-10b-5p表达量显著高于心脏、下丘脑、肾脏和肺脏等组织(P<0.05);90日龄时,垂体、胸肌、腿肌和大脑中miR-10b-5p表达量显著高于其他组织(P<0.05)。与3日龄雏鸡相比,90日龄时垂体、胸肌和腿肌中miR-10b-5p表达量均显著上升(P<0.05)。【结论】 鸡miR-10b-5p是组织广泛表达的miRNA,miR-10b在进化过程中是保守的,其可能通过Wnt及p53信号通路调控肌肉细胞增殖分化,进而调控鸡肌肉生长发育。
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| 关 键 词： | 鸡 miR-10b-5p 靶基因 表达分析 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2021-10-21 |
Bioinformatics and Gene Expression Analysis of miR-10b-5p in Different Tissues of Chickens |
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| HUANG Zhengyang,ZHAO Zhenhua,HUANG Huayun,LI Chunmiao,WANG Qianbao,MU Chunyu,LI Shoufeng.Bioinformatics and Gene Expression Analysis of miR-10b-5p in Different Tissues of Chickens[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2022,49(4):1262-1270. |
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| Authors: | HUANG Zhengyang ZHAO Zhenhua HUANG Huayun LI Chunmiao WANG Qianbao MU Chunyu LI Shoufeng |
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| Institution: | Poultry Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Yangzhou 225009, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | chickens miR-10b-5p target gene expression analysis bioinformatics |
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