| 基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究 |
| |
| 引用本文： | 陶璇,杨雪梅,梁艳,刘一辉,汪勇,孔繁晶,雷云峰,杨跃奎,王言,安瑞,杨坤,吕学斌,何志平,顾以韧.基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究[J].畜牧兽医学报,2023(6):2308-2319. |
| |
| 作者姓名： | 陶璇 杨雪梅 梁艳 刘一辉 汪勇 孔繁晶 雷云峰 杨跃奎 王言 安瑞 杨坤 吕学斌 何志平 顾以韧 |
| |
| 作者单位： | 1. 四川省畜牧科学研究院动物遗传育种四川省重点实验室;2. 四川省畜牧总站;3. 泸州市农业农村局 |
| |
| 摘 要： | 旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率，分析丫杈猪群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵，分析丫杈猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示，166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点，通过质量控制的SNP位点有36 243个；有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系；ROH片段共有3 226个，其中40.96%的长度...
|
| 关 键 词： | 丫杈猪 SNP芯片 遗传多样性 遗传结构 |
|
|
