| 基于SNP芯片数据分析不同奶牛场基因组近交系数及筛选功能性基因 |
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| 引用本文： | 王振宇,张赛博,刘文慧,梁栋,任小丽,闫磊,闫跃飞,高腾云,张震,黄河天.基于SNP芯片数据分析不同奶牛场基因组近交系数及筛选功能性基因[J].畜牧兽医学报,2023(7):2848-2857. |
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| 作者姓名： | 王振宇 张赛博 刘文慧 梁栋 任小丽 闫磊 闫跃飞 高腾云 张震 黄河天 |
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| 作者单位： | 1. 河南农业大学动物科技学院;2. 河南省奶牛生产性能测定中心 |
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| 摘 要： | 旨在利用基因组长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)信息评估河南省不同中国荷斯坦牛群体的全基因组近交水平，并通过ROH检测鉴定基因组ROH富集区域，筛选与奶牛经济性状相关的候选基因。本研究基于GGP Bovine 150K芯片对来自河南省7个牧场900头荷斯坦牛进行全基因组ROH检测，统计ROH在荷斯坦群体中的数目、长度及频率，根据ROH计算基因组近交系数(FROH),并对高频ROH区域进行基因注释。结果表明，在全部900个体中共检测出55 908个ROH片段，平均长度4.23 Mb。7个牧场平均近交系数(FROH)的变化范围从0.082(H7)到0.123(H2),平均FROH为0.106。在ROH的高频区域内共鉴定到79个与奶牛经济性状相关的基因，如与牛体型、体高有关的基因AKAP3、C5H12orf4、FGF6,与胴体及繁殖性状相关的基因CAPN3,与妊娠维持和胎儿生长直接相关的基因CHST14,影响牛奶蛋白质组成的基因IL5RA,参与调节胎儿卵泡生成的基因FGF10。其中，在14号染色体...
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| 关 键 词： | 长纯合片段(ROH) 基因组近交系数 候选基因 中国荷斯坦牛 |
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