基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发 |
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引用本文: | 应东山,唐 浩,韩瑞玺,王文林,王 明,王琴飞,汤秀华,张如莲.基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发[J].热带作物学报,2018,39(12):2446-2451. |
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作者姓名: | 应东山 唐 浩 韩瑞玺 王文林 王 明 王琴飞 汤秀华 张如莲 |
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作者单位: | 1. 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所
2农业农村部华南作物基因资源与种质创制重点实验室
3农业农村部热带作 物种子种苗质量监督检验测试中心,海南海口 571101;
4. 农业农村部科技发展中心,北京 100122;
5. 广西南亚热带农 业科学研究所,广西龙州 532415 |
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摘 要: | 利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs),为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、 品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR 搜索,共获得 6 419 条简单序列重复(SSR)。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。 基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主 导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核 苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个 SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物 表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12 个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实用性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及 其相关近缘物种的遗传变异。
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关 键 词: | 油梨 转录组 EST-SSR 引物 |
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