| 猪成纤维细胞敲减卵泡抑素基因后的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 张冬杰,孙亚蒙,汪亮,李忠秋,杨国伟,刘娣.猪成纤维细胞敲减卵泡抑素基因后的生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2021,48(3):801-809. |
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| 作者姓名： | 张冬杰 孙亚蒙 汪亮 李忠秋 杨国伟 刘娣 |
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| 作者单位： | 1. 黑龙江省农业科学院畜牧研究所, 哈尔滨 150086;2. 农业农村部种养结合重点实验室, 哈尔滨 150086 |
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| 基金项目： | 黑龙江省杰出青年基金项目(JQ2020C005);黑龙江省农科院培育项目(2020FJZX007)。 |
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| 摘 要： | 在哺乳动物中，卵泡抑素（follistatin，FST）不仅参与生殖调控，还与肌肉生长、脂肪沉积等显著相关。为了探究该基因在成纤维细胞中的生物学功能，本研究利用二代测序技术对敲减FST基因的猪成纤维细胞进行转录组测序，筛选差异表达基因，并利用在线生物学软件对差异基因进行GO功能注释及生物学通路富集分析。结果发现，敲减FST基因后共有370个基因显著上调，287个基因显著下调。与细胞增殖、凋亡相关的HOXA6、PARP14、ZBP1、NDUFB9、RAB13、FAM83D、THBS1和BTF3基因以及与疾病相关的ZNF354C、RNF213、IFIT1、CCL5和VPS13C基因均发生了显著变化。这些差异基因共得到51个GO功能注释，生物过程分类下的生物调节、细胞过程、代谢过程、单一生物过程和细胞组分分类下的细胞器、细胞区域、细胞及分子功能分类下的黏合条目下聚集的差异基因数量最多，均>200个。共发现12条显著富集的通路，包括3条与细胞增殖相关的通路（p53信号通路、细胞周期和真核生物中核糖体的生物发生），4条与疾病相关的通路（阿尔茨海默氏病、沙门氏菌感染、亨廷顿病和非小细胞肺癌），2条与肌肉收缩相关的通路（血管平滑肌收缩和心肌收缩）以及泛素介导的蛋白水解作用、肌动蛋白细胞骨架的调节和缝隙连接通路。以上研究结果表明，在成纤维细胞中敲减FST基因后，与细胞增殖分化和部分疾病相关的基因和生物学通路被显著富集，暗示FST基因在成纤维细胞的创伤修复过程中发挥重要的作用。
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| 关 键 词： | 猪 成纤维细胞 卵泡抑素基因 基因敲减 二代测序 |
| 收稿时间： | 2020-07-15 |
Bioinformatics Analysis of Porcine Fibroblasts After Follistatin Gene Knock-down |
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| ZHANG Dongjie,SUN Yameng,WANG Liang,LI Zhongqiu,YANG Guowei,LIU Di.Bioinformatics Analysis of Porcine Fibroblasts After Follistatin Gene Knock-down[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2021,48(3):801-809. |
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| Authors: | ZHANG Dongjie SUN Yameng WANG Liang LI Zhongqiu YANG Guowei LIU Di |
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| Institution: | 1. Institute of Animal Husbandy of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin 150086, China;2. Key Laboratory of Combining Farming and Animal Husbandry, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Harbin 150086, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pig fibroblast follistatin gene gene knock-down second genetration sequencing |
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