| 绵羊miR-150靶基因预测及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 付强,岳巧娴,宋鹏琰,周荣艳.绵羊miR-150靶基因预测及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2021,48(7):2333-2341. |
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| 作者姓名： | 付强 岳巧娴 宋鹏琰 周荣艳 |
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| 作者单位： | 河北农业大学动物科技学院, 保定 071001 |
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| 基金项目： | 河北省自然科学基金（2019C2019204039）；河北农业大学精准畜牧学科群建设项目（2020） |
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| 摘 要： | 为探究miR-150在绵羊卵巢中的调控机制，本研究利用生物信息学方法对miR-150进行靶基因预测与分析。通过miRBase数据库获取miR-150成熟序列，进行序列比对和保守性分析；利用Ensemble数据库搜索miR-150前体序列，并利用PROMO在线软件对其上游2 000 bp的启动子区进行转录因子结合位点预测；通过TargetScan和miRwalk在线软件预测并取靶基因的交集，采用DAVID和KOBAS在线软件对预测靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析；利用Networkanalyst在线软件对靶基因进行功能性蛋白的互作分析，绘制miR-150靶基因参与的调控网络；利用YM500V2在线软件分析miR-150靶基因在不同组织和疾病中的差异表达水平。结果显示，miR-150成熟序列在不同物种间具有高度保守性；miR-150启动子区存在p53、ID1、FOXO4等转录因子结合位点。GO功能分析结果显示，主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等生物过程，锌离子结合、DNA结合、转录DNA模板等分子功能，以及核、核质、胞质、胞质核周区域等细胞组分。KEGG通路富集结果显示，主要富集在癌症通路、癌症中蛋白聚糖、人乳头瘤病毒感染、乳腺癌、调节干细胞多能性等信号通路。miR-150靶基因互作分析发现，靶基因PIK3R1、PIK3CB、CTNNB1与其他蛋白存在较多靶向关系，参与了雌激素信号通路、细胞衰老、磷脂酰肌醇信号系统、TGF-β等通路。根据YM500V2在线软件分析miR-150在不同组织和疾病中的表达发现，在血液中表达水平最高，在卵巢、胰腺、淋巴和皮肤中表达水平相对较高，在脑和肾上腺皮质中表达水平很低或不表达。通过对绵羊miR-150靶基因的生物信息学分析，为其功能和调控机制研究提供参考依据，为绵羊miR-150在卵巢发育中的调控机制奠定基础。
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| 关 键 词： | 绵羊 miR-150 靶基因 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2021-01-18 |
Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of miR-150 in Sheep |
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| FU Qiang,YUE Qiaoxian,SONG Pengyan,ZHOU Rongyan.Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of miR-150 in Sheep[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2021,48(7):2333-2341. |
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| Authors: | FU Qiang YUE Qiaoxian SONG Pengyan ZHOU Rongyan |
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| Institution: | College of Animal Science and Technology, Hebei Agricultural University, Baoding 071001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sheep miR-150 target gene bioinformatics |
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