| 茶树花转录组微卫星分布特征 |
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| 引用本文： | 中国农业科学院茶叶研究所.茶树花转录组微卫星分布特征[J].作物学报,2014,40(1):80-85. |
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| 作者姓名： | 中国农业科学院茶叶研究所 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院茶叶研究所 / 国家茶树改良中心，浙江杭州 310008 |
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| 基金项目： | 本研究由国家现代农业产业技术体系建设专项(nycytx-23), 浙江省自然科学基金(LY13C160004)和浙江省茶产业技术创新战略联盟项目资助。 |
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| 摘 要： | 利用Perl语言,对茶树花转录组序列进行大通量SSR位点的发掘,发现含SSR的序列10 290条,共12 582个SSR,平均2.41 kb出现一个SSR。在茶树花的转录组中共发现340种碱基重复模式,所占比例最高的是(AG/CT)n(44.99%)。在49 586条注释成功的茶树花Unigene中,共发现10 490个SSR位点,其中位于编码区的1917个,其出现频率仅为0.102 SSR/1000 bp,而非编码区为3.072 SSR/1000 bp。在基因编码区中出现频率最高的是三碱基微卫星(1140,59.5%),其次是六碱基微卫星(524,27.3%)。茶树花转录组所含微卫星以重复长度小于20 bp的序列最多,大于20 bp的仅为25.2%。茶树花转录组中,含微卫星基因的平均表达水平显著低于不含微卫星基因,其中含复杂微卫星基因的平均基因表达水平最低。
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| 关 键 词： | 茶树 微卫星 花 转录组 |
| 收稿时间： | 2013-05-21 |
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