| 马蓝转录组中SSR位点信息特征分析 |
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| 引用本文： | 公培民,宁书菊,叶齐,于剑,赵璇璇,沈继伟,马小毛,蔡国倩,胡永乐,魏道智.马蓝转录组中SSR位点信息特征分析[J].分子植物育种,2020(12):4000-4008. |
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| 作者姓名： | 公培民 宁书菊 叶齐 于剑 赵璇璇 沈继伟 马小毛 蔡国倩 胡永乐 魏道智 |
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| 作者单位： | 福建农林大学生命科学学院;福建农林大学作物学院;武夷学院生态与资源工程学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(81573517);福建省自然科学基金面上项目(2019J01827)共同资助。 |
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| 摘 要： | 本研究利用Illumina HiSeqTM 2000对马蓝转录组进行高通量测序,使用软件MicroSAtellite(MISA)分析转录组中的SSR位点信息。通过组装马蓝转录组数据获得了51381条Unigene,并对获得的Unigene进行SSR检测,共检测到8471个SSR位点,其分布在6782条Unigene中,出现的频率为16.49%。SSR中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,其中二核苷酸以重复单元AT/TA为主,占18.14%,其余类型的重复单元相对较少。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr和SwissProt中分别有5932和4285条序列被注释,同时SSR所在序列还被注释到47个GO分类,25个KOG分类和29个KEGG代谢通路中。通过设计、筛选,共获得5819对引物组合,随机挑选的18对引物中有13对引物扩增出符合预期大小的条带。马蓝SSR出现的频率高,重复种类丰富,为研究马蓝遗传多样性、基因定位和品质改良等提供了科学依据。
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| 关 键 词： | 马蓝(Baphicacanthus cusia) 转录组 SSR |
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