| 甘蔗类甜蛋白基因ScTLP2和ScTLP3的生物信息学分析及表达 |
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| 引用本文： | 李聪娜,刘峰,张旭,任永娟,汤翰臣,阙友雄,苏亚春.甘蔗类甜蛋白基因ScTLP2和ScTLP3的生物信息学分析及表达[J].分子植物育种,2020(1):65-73. |
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| 作者姓名： | 李聪娜 刘峰 张旭 任永娟 汤翰臣 阙友雄 苏亚春 |
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| 作者单位： | 福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室;福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31671752;31101196);福建省高校杰出青年科研人才计划项目(SYC-2017);福建省杰出青年基金项目(2015J06006);国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-17)共同资助 |
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| 摘 要： | 类甜蛋白(thaumatin-like proteins,TLPs)是一类与作物抵抗真菌病害紧密相关的病程相关蛋白。本研究从课题组前期构建的甘蔗(Saccharum spp.)转录组数据库中筛选获得两个甘蔗类甜蛋白基因(ScTLP2和ScTLP3),利用生物学软件对ScTLP2和ScTLP3基因进行序列特征、结构功能及聚类分析,采用qRT-PCR技术,检测ScTLP2和ScTLP3基因在不同甘蔗组织和黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)胁迫下的表达情况。生物信息学分析显示,ScTLP2基因全长1835 bp,包含1个969 bp的完整开放读码框,编码322个氨基酸;ScTLP3基因全长1259 bp,包含1个765 bp的完整开放读码框,编码254个氨基酸。ScTLP2和ScTLP3编码蛋白均含有THN家族的保守结构域和糖苷水解酶家族的64结构域(GH64-TLP-SF),两者分别隶属于TLPs家族中的Ⅵ类和Ⅰ类。q RT-PCR结果表明,ScTLP2和ScTLP3基因在甘蔗中均为组成型表达,其中ScTLP2基因在蔗叶中的表达量最高,是蔗皮的11.2倍,而ScTLP3基因在蔗芽中的表达量最高,是蔗皮的45.3倍。受黑穗病菌侵染后,ScTLP2基因在甘蔗抗黑穗病品种‘崖城05-179’中上调表达,而在感黑穗病品种‘ROC22’中无明显变化;相反的,Sc TLP3基因表达量在‘崖城05-179’中无明显变化,在‘ROC22’中上调表达。以上结果为深入研究甘蔗ScTLP家族基因的结构和功能积累了基础资料。
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| 关 键 词： | 甘蔗(Saccharum spp.) 类甜蛋白 生物信息学分析 QRT-PCR 黑穗病菌 |
Bioinformatics and Expression Analysis of Thaumatin-like Protein Genes ScTLP2 and ScTLP3 form Sugarcane |
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| Li Congna,Liu Feng,Zhang Xu,Ren Yongjuan,Tang Hanchen,Que Youxiong,Su Yachun.Bioinformatics and Expression Analysis of Thaumatin-like Protein Genes ScTLP2 and ScTLP3 form Sugarcane[J].Molecular Plant Breeding,2020(1):65-73. |
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| Authors: | Li Congna Liu Feng Zhang Xu Ren Yongjuan Tang Hanchen Que Youxiong Su Yachun |
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| Institution: | (College of Tropical Crops,Hainan Key Laboratory for Biotechnology of Salt Tolerant Crops,Hainan University,Haikou,350002;Key Laboratory of Crop Genetics and Breeding and Comprehensive Utilization,Ministry of Education,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou,350002) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Sugarcane Thaumatin-like protein Bioinformatics analysis qRT-PCR Sporisorium scitamineum |
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