| 基于高通量测序的柚木边材转录组分析 |
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| 引用本文： | 杨光,梁坤南,黄桂华,周再知,王西洋.基于高通量测序的柚木边材转录组分析[J].分子植物育种,2020(13):4274-4282. |
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| 作者姓名： | 杨光 梁坤南 黄桂华 周再知 王西洋 |
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| 作者单位： | 中国林业科学研究院热带林业研究所 |
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| 基金项目： | 中国林业科学研究院基本科研业务费专项资金项目(CAFYBB2017SY022)资助。 |
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| 摘 要： | 本研究利用Illumina HiseqTM4000测序平台对柚木(Tectona grandis L.F.)边材组织进行转录组测序,获得39.65 Gb的数据。拼接组装共得到90843个Unigene,平均长度、N50以及GC含量分别为1415 bp,2208 bp和41.28%。将获得的Unigene与七大功能数据库进行比对,分别有64416(NR:70.91%)、69281(NT:76.26%)、28777(COG:31.68%)、18630(GO:20.51%)、49594(KEGG:54.59%)、44707(Swissprot:49.21%)以及50938(Interpro:56.07%)个Unigene获得功能注释。经过GO数据库的比对分析,18630个Unigene被注释到生物过程、细胞组分和分子功能3大类别55个亚类。与COG数据库进行比对分析,28777个注释Unigene按功能被划分为25类。基于KEGG数据库,44595个Unigene序列注释到6大类,21个亚类代谢通路中。根据注释结果预测出2772个编码转录因子的Unigene,检测出26773个SSR位点,以及39856个SNP位点。本研究为柚木分子育种工作的开展提供数据和参考。
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| 关 键 词： | 柚木(Tectona grandis L.F.) 转录组 高通量测序 功能注释 |
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