| 基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析 |
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| 引用本文： | 李超,侯吉伦,王桂兴,张晓彦,刘永富,童爱萍,刘海金.基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析[J].海洋渔业,2015,37(2). |
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| 作者姓名： | 李超 侯吉伦 王桂兴 张晓彦 刘永富 童爱萍 刘海金 |
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| 作者单位： | 1. 上海海洋大学水产与生命学院,上海,201306
2. 中国水产科学研究院北戴河中心实验站,河北秦皇岛,066100
3. 中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心,北京,100141 |
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| 基金项目： | 国家863计划项目，现代农业产业技术体系建设专项资金 |
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| 摘 要： | 通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。
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| 关 键 词： | 牙鲆 转录组测序 SSR标记 |
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