| 鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析 |
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| 引用本文： | 李青,何斌,陈群利,游萍.鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析[J].江苏农业科学,2022,50(3):28-35+48. |
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| 作者姓名： | 李青 何斌 陈群利 游萍 |
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| 作者单位： | 贵州工程应用技术学院生态工程学院,贵州毕节551700 |
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| 基金项目： | 贵州省科技计划(编号：黔科合基础[2018]1054、黔科合LH字[2017]7018号、毕科人才合字[2021]11号)； |
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| 摘 要： | 为进一步丰富鲫鱼基因组数据，对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序。采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序，对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析。结果提示，组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp。与相应数据库比对，最终获得117 414(91.87%)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释，并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中；有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型；获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路。在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点，共检测到48 808个SSR位点。提示获得有注释信息的unigene共117 414条，此外，获得一些SNP和SSR位点。结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 鲫鱼 转录组学 肝脏 血液 卵巢 unigene SNP分析 SSR分析 高通量测序 |
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