| 基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因 |
| |
| 引用本文： | 李晓波,刘占发,刘悦,陈倩,马月辉,赵倩君,叶绍辉.基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因[J].畜牧兽医学报,2022,53(9):2930-2943. |
| |
| 作者姓名： | 李晓波 刘占发 刘悦 陈倩 马月辉 赵倩君 叶绍辉 |
| |
| 作者单位： | 1. 云南农业大学动物科学技术学院, 昆明 650201;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;3. 宁夏回族自治区中卫山羊保种场, 宁夏 755000 |
| |
| 基金项目： | 农业农村部种业管理司《藏高原区域畜禽遗传资源调查（羊）》（19190665）；宁夏自然科学基金项目（2021AAC03532）；现代绒毛用羊产业体系（CARS-39-01） |
| |
| 摘 要： | 旨在探究中卫山羊羊毛弯曲随生长发生变化的分子机制，挖掘不同发育时期影响羊毛弯曲度的关键基因。试验采集了3只中卫山羊出生后45日龄（弯曲毛）和365日龄（直毛）的皮肤组织，进行转录组测序（RNA-seq），使用WGCNA与GSEA分析找出Hub基因。以P-value<0.05和|log2FoldChange|≥1作为差异表达基因筛选的标准，45日龄为对照组，365日龄为试验组共筛选得到1 252个显著差异表达基因，包括812个表达上调基因和440个下调基因。基于WGCNA方法分析共得到14个模块，其中黄色和绿松石模块与被毛弯曲表型相关。利用String和Cytoscape构建网络，筛选到20个影响羊毛弯曲度的核心基因。从GSEA结果中筛选的被显著富集通路Hedgehog signaling pathway、JAK/STAT signaling pathway、TGF/BETA signaling pathway等参与了毛囊发育调控。综合KEGG、WGCNA、分子网络构建、GSEA分析结果，共同筛选得到基因CCL27、IL7、WNT2，推断这3个基因在调控毛囊发育中起到了关键的调控作用。本研究为进一步阐明动物毛发弯曲的分子机制提供了理论基础。
|
| 关 键 词： | 中卫山羊 转录组测序 羊毛弯曲 WGCNA GSEA |
| 收稿时间： | 2022-02-22 |
Mining Genes Related to Wool Bending of Zhongwei Goat Based on WGCNA and GSEA |
| |
| LI Xiaobo,LIU Zhanfa,LIU Yue,CHEN Qian,MA Yuehui,ZHAO Qianjun,YE Shaohui.Mining Genes Related to Wool Bending of Zhongwei Goat Based on WGCNA and GSEA[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2022,53(9):2930-2943. |
| |
| Authors: | LI Xiaobo LIU Zhanfa LIU Yue CHEN Qian MA Yuehui ZHAO Qianjun YE Shaohui |
| |
| Institution: | 1. College of Animal Science and Technology, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;2. Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China;3. Ningxia Hui Autonomous Region Zhongwei Goat Farm, Ningxia 755000, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
|
| 点击此处可从《畜牧兽医学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《畜牧兽医学报》下载免费的PDF全文 |
|
